מילון מונחים - התפתחות עוברית
המילון מאחד את המונחים המרכזיים משיעורים 1–14. ההגדרות נכתבו לפי ההקשר שבו המונח מופיע בקורס.
הצבעים מסמנים שושלת התפתחותית או מערכת איתות. גוונים קרובים מציינים ענפים קרובים באותה משפחה. לחיצה על מונח מציגה קשרים מפורשים למונחים אחרים במילון.
Ectoderm
Surface ectoderm Neuroectoderm Neural plate border ← Neural crest
Mesoderm
Axial Paraxial Lateral plate Cardiac
Endoderm
Foregut Midgut Hindgut
ICM → Epiblast TE → Trophoblast PrE → VE / Parietal endoderm Wnt Nodal FGF Hedgehog Notch Ectoderm + Mesoderm Endoderm + Mesoderm שיטה קליני
סה״כ: 663 מונחים מאוחדים משיעורים 1–14.
מושגי יסוד ושיטות מחקר
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| אמבריולוגיה (Embryology) | תחום החוקר כיצד זיגוטה מתפתחת לעובר מאורגן בעל רקמות, איברים וצירי גוף. | מושג כללי | 1–14 |
| Embryogenesis | כלל התהליכים שבהם הזיגוטה יוצרת מגוון תאים, צירי גוף, רקמות ואיברים. | תהליך | 1 |
| Blueprint | תוכנית התפתחותית המגדירה אילו מבנים ייווצרו, היכן ובאיזה סדר. | מושג כללי | 1 |
| Generation | פרק הזמן מההפריה ויצירת האורגניזם ועד הגעתו לבגרות מינית וליכולת להעמיד דור חדש. | מושג כללי | 1 |
| Cellular diversity | מגוון סוגי התאים שנוצר באמצעות Differentiation מתוך גנום משותף. | מושג כללי | 1 |
| Continuity of life | המשכיות בין דורות באמצעות יצירת קו נבט וגמטות המסוגלות להעמיד דור חדש. | מושג כללי | 1 |
| Differentiation - התמיינות | רכישת זהות ותפקוד ייחודיים היוצרת מגוון תאי מתוך תאים בעלי פוטנציאל רחב יותר. | תהליך | 1, 4 |
| Morphogenesis - מורפוגנזה | יצירת צורה ומבנה באמצעות תנועות תאים, שינויי צורה, הידבקות וארגון מרחבי. | תהליך | 1 |
| Organogenesis - אורגנוגנזה | ארגון שכבות הנבט לרקמות ולאיברים. לפי השיעור אין גבול כרונולוגי חד שבו Gastrulation מסתיימת ורק אז Organogenesis מתחילה; באזורים שונים של העובר תחילת יצירת האיברים חופפת לשלבים המאוחרים של הגסטרולציה. | תהליך | 1, 10–14 |
| Symmetry | דמיון מאורגן בין צדדים, אזורים או תאים. עובר יכול להיראות סימטרי מבחוץ גם לאחר שכבר נוצרו בו הבדלים מולקולריים ברמות או במיקום של RNA וחלבונים. | ציר / כיוון | 1, 6 |
| Asymmetry | הבדל מאורגן בין צדדים, אזורים או תאים. שבירת סימטריה יכולה להופיע תחילה ברמה מולקולרית, בקוטביות או בחלוקת רכיבים, ורק בהמשך להתבטא בהבדל מורפולוגי ובגורלות תאים שונים. | ציר / כיוון | 1, 6, 13–14 |
| Body axis - ציר גוף | מערכת כיוונים המארגנת את מיקום הרקמות והאיברים בעובר. | ציר / כיוון | 1, 6–14 |
| Anterior–Posterior axis | הציר שבין קדמת העובר לזנבו. | ציר / כיוון | 6, 8–14 |
| Dorsal–Ventral axis | הציר שבין הגב לבטן. | ציר / כיוון | 6–8, 11–12 |
| Left–Right axis | הציר המבדיל בין תוכנית שמאל לתוכנית ימין ומאפשר מיקום אסימטרי עקבי של איברים. הוא נקבע בחלון קצר סביב היווצרות ה־Node וה־Early headfold, לפני שהאסימטריה המורפולוגית של האיברים נראית. | ציר / כיוון | 7, 9, 13–14 |
| Proximal–Distal axis | ציר המתאר קרבה או ריחוק מאזור ייחוס; ב־Egg cylinder הוא עובר מה־ExE אל הקצה הדיסטלי. | ציר / כיוון | 7–10 |
| Embryonic–Abembryonic axis | הציר בבלסטוציסט בין הקוטב העוברי, שבו נמצאים ה־ICM וה־Polar trophectoderm, לבין הקוטב הלא־עוברי שבצד הנגדי, המכוסה בעיקר ב־Mural trophectoderm. | ציר / כיוון | 4, 6 |
| Ligand - ליגנד | מולקולת אות הנקשרת לרצפטור ומתחילה או משנה תגובה תאית. | עקרון בסיגנלינג | 1–3, 8–14 |
| Receptor - רצפטור | חלבון הקולט ליגנד וממיר את הקישור לאות תוך־תאי. | עקרון בסיגנלינג | 1–3 |
| Transcription factor | חלבון הנקשר לרצפי בקרה ב־DNA ומווסת שעתוק של גנים. פקטורי שעתוק כגון Pax6, Cdx2, Oct4, Nanog ו־Gata6 יכולים להפעיל תוכניות גנים רחבות, אך יש לבדוק בנפרד אם כל פקטור נדרש לתהליך ואם פעילותו מספיקה ליצירת התוצאה. | מושג כללי | 4–6, 9 |
| Signaling pathway | שרשרת אירועים מולקולריים המעבירה מידע מחוץ לתא אל מנגנוני תגובה ושעתוק. | עקרון בסיגנלינג | 1–3 |
| Morphogen | אות התפתחותי שעוצמה או משך חשיפה שונים אליו גורמים לתאים להפעיל תוכניות גורל שונות. | עקרון בסיגנלינג | 1, 8, 10–14 |
| Morphogen gradient | שינוי הדרגתי בריכוז או בפעילות של מורפוגן לאורך רקמה. | עקרון בסיגנלינג | 1, 8, 10–14 |
| Diffusion - דיפוזיה | תנועה נטו של מולקולות מאזור בריכוז גבוה לאזור בריכוז נמוך. | תהליך | 1–2, 14 |
| Autocrine signaling | אות שהופרש מתא ופועל על אותו תא. | עקרון בסיגנלינג | 1 |
| Paracrine signaling | אות המופרש ופועל על תאים סמוכים. | עקרון בסיגנלינג | 1 |
| HSPG | Heparan sulfate proteoglycans; חלבוני ליבה הנושאים שרשראות heparan sulfate וקושרים ליגנדים, וכך מווסתים את פיזורם, יציבותם והצגתם לרצפטורים. | עקרון בסיגנלינג | 1–2 |
| Syndecan | HSPG טרנסממברנלי: חלבון הליבה חוצה את הממברנה ונושא שרשראות heparan sulfate מחוץ לתא. | עקרון בסיגנלינג | 1 |
| Glypican | HSPG המחובר לממברנה בעוגן GPI ויכול לרכז ליגנדים על פני התא. | עקרון בסיגנלינג | 1 |
| HSPG sulfation | הוספת קבוצות sulfate לשרשראות heparan sulfate; דפוס הסולפציה משנה את האפיניות לליגנדים ואת צורת הגרדיאנט. | עקרון בסיגנלינג | 1 |
| Positive feedback | משוב שבו שינוי התחלתי מחזק את עצמו וכך מייצב זהות תאית. דוגמאות מהשיעורים הן ההגברה ההדדית ברשת Oct4–Nanog–Sox2 והקשר החיובי בין Cdx2 לבין קוטביות התא החיצוני. | עקרון בסיגנלינג | 3, 5, 8, 14 |
| Negative feedback | משוב שבו תוצר של מסלול מצמצם את המשך פעילותו, וכך מגביל את עוצמת האות או את משכו. יש להבחין בינו לבין דיכוי הדדי בין שתי תוכניות גורל, שבו כל תוכנית מדכאת את האחרת ומחדדת את ההפרדה בין האוכלוסיות. | עקרון בסיגנלינג | 2–3, 12 |
| Cross-talk | השפעה של מסלול איתות אחד על רכיבים או תוצרים של מסלול אחר. | עקרון בסיגנלינג | 2 |
| Signal initiation | השלב שבו קישור ליגנד לרצפטור מתחיל את העברת האות. | עקרון בסיגנלינג | 1–3 |
| Signal amplification | הגברת אות ראשוני קטן באמצעות הפעלה של מספר רב של מולקולות downstream. | עקרון בסיגנלינג | 1–3 |
| Signal shut-off | מנגנונים המפסיקים את התגובה, כגון פירוק ליגנד, אינטרנליזציית רצפטור, פוספטאזות ומשוב שלילי. | עקרון בסיגנלינג | 1–3 |
| Redundancy - יתירות | מצב שבו כמה גנים, ליגנדים או רצפטורים מבצעים תפקידים חופפים ויכולים לפצות זה על זה. לכן פגיעה ברכיב יחיד עלולה שלא ליצור פנוטיפ, ויש לעיתים לפגוע בכמה רכיבים או לבחור בצוואר בקבוק משותף של המסלול. | מושג כללי | 4, 9 |
| Bottleneck - צוואר בקבוק | רכיב מרכזי ומשותף שדרכו חייב לעבור האות במסלול, ולכן פגיעה בו יכולה לחסום את המסלול למרות יתירות בליגנדים או ברצפטורים. β-catenin הוצג כדוגמה במסלול Wnt הקנוני. | עקרון בסיגנלינג | 4 |
| Master regulator | פקטור בקרה היכול להפעיל תוכנית התפתחותית מורכבת הכוללת גנים רבים. Pax6 הודגם באמצעות יצירת עיניים אקטופיות, אך ההגדרה דורשת שילוב של LOF המראה הכרחיות ו־GOF המראה יכולת להפעיל את התוכנית. | מושג כללי | 4 |
| Loss of function (LOF) | הפחתה או ביטול של פעילות גן כדי לבדוק אם הוא נדרש לתהליך. LOF יכול להיגרם ממחיקת הגן או מיצירת תוצר שאינו פונקציונלי. הופעת פנוטיפ מלמדת על הכרחיות הרכיב, אך אינה מוכיחה לבדה שהוא מספיק ליצירת התהליך. | שיטת מחקר | 4–5, 9, 11–14 |
| Necessity - תנאי הכרחי | הטענה שרכיב נדרש כדי שתהליך יתרחש. בודקים תנאי הכרחי בעיקר באמצעות Loss of function: אם ביטול הרכיב מונע את התהליך, התוצאה תומכת בכך שהרכיב נדרש, כל עוד הניסוי אכן חסם את פעילותו ולא קיימת יתירות שמסתירה את הפנוטיפ. | הסקה מניסוי | 4 |
| Gain of function (GOF) | הגברת פעילות קיימת או הפעלתה במקום או בזמן שבהם אינה פעילה בדרך כלל, כדי לבדוק איזו תוצאה הרכיב יכול לחולל והאם פעילותו מספיקה ליצירתה. יש לפרש GOF יחד עם LOF, משום שתגובה לביטוי מלאכותי אינה מוכיחה לבדה שזה תפקידו הפיזיולוגי הרגיל. | שיטת מחקר | 4, 9, 12 |
| Overexpression | סוג של Gain of function שבו מעלים את רמתו של גן או חלבון בתא שכבר מבטא אותו באופן רגיל, כדי לבדוק כיצד תוספת פעילות משנה את התהליך. | שיטת מחקר | 4 |
| Ectopic expression | סוג של Gain of function שבו מבטאים גן במקום, בזמן או בתא שאינם מבטאים אותו בדרך כלל. ביטוי Pax6 ברגל הזבוב ו־Wnt3 באזור קדמי הם דוגמאות לבדיקת יכולת ליזום תוכנית אקטופית. | שיטת מחקר | 4, 9 |
| Sufficiency - תנאי מספיק | הטענה שפעילות של רכיב מספיקה ליצירת תוצאה בהקשר מסוים. בודקים תנאי מספיק בעיקר באמצעות Gain of function. תוצאה חיובית מראה שהרכיב יכול לחולל את התוצאה בתנאי הניסוי, אך אינה מוכיחה שזה תפקידו הרגיל או שהוא פועל לבדו. | הסקה מניסוי | 4, 9 |
| Knockout (KO) | ביטול גנטי של גן או של פעילותו, ולכן הוא סוג של Loss of function. בהסקת המסקנות יש לבדוק אם קיימת יתירות ואם הפגיעה אכן חסמה את הרכיב או המסלול הרלוונטי. | שיטת מחקר | 4–5, 11–14 |
| Conditional knockout | ביטול גן באוכלוסיית תאים מסוימת, ולעיתים גם בזמן מוגדר, לרוב באמצעות Cre-loxP. השיטה מאפשרת לבדוק תפקיד רקמתי או מאוחר כאשר Knockout מלא גורם לפנוטיפ מוקדם שמונע את המשך הניתוח, כפי שהודגם בחקר Nodal בקביעת ציר ימין–שמאל. | שיטת מחקר | 13 |
| Null allele | אלל שאינו מייצר תוצר פונקציונלי. | שיטת מחקר | 7 |
| Wild type (WT) | הגנוטיפ או הפנוטיפ התקין המשמש להשוואה לניסוי. | שיטת מחקר | 7, 12, 14 |
| Rescue experiment | החזרת פעילות גן ברקע מוטנטי ובדיקה אם הפנוטיפ מתוקן. Rescue יכול להיות רקמתי: ביטוי PKD2 באזור ה־Node או בעיקר ב־Crown cells ברקע Pkd2 knockout החזיר ביטוי שמאלי של Nodal וכך סייע לזהות את האוכלוסייה שבה PKD2 נדרש. | שיטת מחקר | 14 |
| Transgenic embryo | עובר הנושא Transgene שהוחדר לגנום כדי לבטא גן או Reporter תחת רצף בקרה נבחר. בשיטה שתוארה מזריקים DNA ל־Pronucleus הזכרי של זיגוטה, והוא עשוי להשתלב באתר אקראי בגנום; לכן השיטה שונה מ־Knock-in מכוון. | שיטת מחקר | 6, 14 |
| Pronuclear injection | הזרקת מקטע DNA ל־Pronucleus הזכרי הגדול של זיגוטה לפני איחוי הגרעינים. בחלק מהעוברים המקטע משתלב באתר אקראי בגנום, והם יכולים לשמש מייסדים של קו טרנסגני. | שיטת מחקר | 14 |
| Tissue-specific regulatory element | רצף בקרה שמפעיל Transgene באוכלוסיית תאים מסוימת. בשיעור FoxA2 regulatory element ו־NDE שימשו לביטוי PKD2 באזורים שונים של ה־Node לצורך Rescue רקמתי. | שיטת מחקר | 14 |
| Random integration | שילוב של Transgene באתר אקראי בגנום לאחר Pronuclear injection. מאחר שאתר השילוב יכול להשפיע על הביטוי, יש לבדוק את דפוס הביטוי בכל קו טרנסגני; זאת בניגוד ל־Knock-in המכוון ללוקוס מוגדר. | שיטת מחקר | 14 |
| Reporter gene | גן מדווח שתוצרו ניתן לזיהוי או לכימות, ולכן הוא מראה היכן רצף בקרה פעיל או היכן נמצאת אוכלוסיית תאים. LacZ שימש להצגת דפוסי ביטוי ולסימון שושלת, ו־Venus אוחה ל־PKD2 כדי לבדוק את מיקומו. | שיטת מחקר | 6, 10, 14 |
| Knock-in | החדרה מכוונת של רצף למיקום מוגדר בגנום. בשיעורים הושוותה גישה זו ליצירת Transgenic mouse בהזרקה פרונוקלארית, שבה ה־Transgene משתלב באקראי ולא בלוקוס שנבחר מראש. | שיטת מחקר | 6, 14 |
| Chimera - כימרה | עובר המורכב מתאים מגנוטיפים שונים. בניתוח תפקוד FGFR1 הוזרקו ESC מוטנטיים ומסומנים לבלסטוציסט תקין; הסביבה התקינה אפשרה לעובר להתפתח, ומיקום התאים המוטנטיים חשף אם הפגם הוא Cell-autonomous. | שיטת מחקר | 6, 10 |
| Chimeric analysis - ניתוח כימרי | השוואת תאים Wild type ומוטנטיים בתוך אותו עובר כדי לבדוק כיצד הם מתנהגים באותה סביבה. הצטברות תאי FGFR1 mutant ב־Primitive streak של עובר תקין הראתה שהפגם ביציאה מה־streak הוא Cell-autonomous. | שיטת מחקר | 10 |
| Cell lineage analysis | סימון תא מוקדם ומעקב אחר הסמן בכל צאצאיו כדי לקבוע את דפוס התפזרותם ואת תרומתם העתידית. בניסוי שבו סומנו שני הבלסטומרים בעובר בן שני תאים, כל שושלת נשארה בדרך כלל באזור מרחבי רציף יחסית, אך לא תאמה באופן מוחלט לקוטב העוברי או לקוטב הלא־עוברי. | שיטת מחקר | 6 |
| Cell aggregation experiment | הפרדת אוכלוסיות תאים ואיגודן מחדש כדי לבדוק את הפוטנציאל והמחויבות שלהן. השוואת אגרגטים של תאים פנימיים וחיצוניים משלבי 16 ו־32 תאים הראתה שהמחויבות ל־TE נעשית יציבה בהדרגה. | שיטת מחקר | 4–5 |
| Fate map | מפה המקשרת בין מיקום תאים מוקדם לבין הגורל ההתפתחותי העתידי שלהם. | שיטת מחקר | 9 |
| Marker - סמן | גן, RNA או חלבון המשמש לזיהוי אוכלוסייה, מיקום, מצב או גורל. סמן מאפשר לעקוב אחר תהליך, אך עצם המתאם בינו לבין גורל מסוים אינו מוכיח שהוא גורם לגורל; לכך נדרשים ניסויי LOF ו־GOF. | שיטת מחקר | 4–14 |
| Immunostaining | שימוש בנוגדן מסומן לזיהוי חלבון ברקמה או בעובר. השיטה מלמדת היכן החלבון נמצא, ולעיתים מאפשרת להשוות עוצמות יחסיות; בפקטורי שעתוק מצופה בדרך כלל אות גרעיני. השיטה אינה מודדת ישירות RNA. | שיטת מחקר | 1, 4–5 |
| DAPI | צבען פלואורסצנטי שנקשר ל־DNA ומשמש לסימון גרעינים. הוא מאפשר לזהות את מיקום הגרעינים ולהשוות אליהם את האות של חלבון או RNA. | שיטת מחקר | 3–4, 6, 11 |
| GFP | חלבון פלואורסצנטי ירוק המשמש כ־reporter או כסמן יציב לשושלת תאים. למשל, ESC שסומנו ב־GFP הוזרקו לבלסטוציסט, ולאחר מכן ניתן היה לזהות באילו רקמות נמצאו צאצאיהם. | שיטת מחקר | 6 |
| LacZ | גן מדווח המקודד β-galactosidase. הוא שימש בשיעורים הן להצגת דפוס ביטוי של לוקוס והן לסימון תאים בכימרה, כדי לעקוב אחר התאים וצאצאיהם לאחר X-gal staining. | שיטת מחקר | 10, 14 |
| Rosa26-LacZ | Reporter יציב שהוכנס ללוקוס Rosa26 ושימש לסימון תאים מוטנטיים בכימרה. צביעת X-gal יוצרת משקע כחול בתאים שמבטאים LacZ וכך מאפשרת לעקוב אחר מיקומם לאחר נדידה והתמיינות. | שיטת מחקר | 10 |
| X-gal | סובסטרט היוצר משקע כחול בלתי מסיס בנוכחות β-galactosidase. לכן תאים המבטאים LacZ נשארים מסומנים וניתן לזהות את מיקומם בעובר או בחתך. | שיטת מחקר | 10, 14 |
| RNA in situ hybridization | זיהוי מרחבי של RNA ברקמה באמצעות גלאי משלים מסומן. | שיטת מחקר | 8, 11–12 |
| Whole-mount in situ hybridization | RNA in situ המתבצע בעובר שלם, ללא חיתוך מוקדם, ומציג את דפוס הביטוי המרחבי של התעתיק. בשיעורים שימש להשוואת Hes7, Snail, Nodal וגנים נוספים בין Wild type למוטנטים. | שיטת מחקר | 8 |
| Live imaging - הדמיה חיה | מעקב בזמן אמת אחר תאים בעובר חי. ההדמיה החיה של Primitive streak תיקנה את המודל הישן והראתה שפירוק Basement membrane ו־remodeling של קשרים חופפים בזמן ל־Apical constriction ול־Ingression. | שיטת מחקר | 10 |
| Antisense RNA probe | גלאי RNA משלים ל־mRNA המטרה; קישורו מאפשר לזהות היכן התעתיק נמצא בעובר. | שיטת מחקר | 8 |
| DIG | Digoxigenin; תווית כימית נפוצה לסימון גלאי RNA ב־in situ hybridization. | שיטת מחקר | 8 |
| FISH | Fluorescence in situ hybridization; זיהוי רצף DNA או RNA באמצעות גלאי פלואורסצנטי משלים. בשיעור RNA FISH הראה הבדלים בכמות ובמיקום הגרעיני של LincGET בין בלסטומרים. | שיטת מחקר | 6–7 |
| Housekeeping gene | גן שביטויו צפוי להיות יציב יחסית בין הדגימות ומשמש ביקורת טכנית להשוואת אותות. בשיעור HPRT שימש ביקורת ב־RNA FISH כדי לוודא שההבדל ב־LincGET אינו נובע מאיכות המדידה. | שיטת מחקר | 6 |
| RT-PCR / qPCR | ב־RT-PCR ממירים RNA ל־cDNA ומגבירים רצף מטרה; RT-qPCR מודדת את ההגברה בזמן אמת ומאפשרת לכמת את כמות ה־RNA ההתחלתית. | שיטת מחקר | 7 |
| NGS | ריצוף מקבילי בהיקף גדול המשמש לבדיקת וריאנטים או ביטוי גנים. | שיטת מחקר | 7 |
| aCGH | השוואת כמות DNA על גבי מערך לזיהוי חסרים או תוספות כרומוזומליים. | שיטת מחקר | 7 |
| Cell-autonomous | תלות של התא ברכיב שנדרש בתוך אותו תא. בכימרות FGFR1, תאים מוטנטיים הגיעו ל־Primitive streak אך הצטברו בו ולא יצאו כראוי גם כאשר התאים שסביבם היו תקינים; לכן FGFR1 נדרש באופן Cell-autonomous ל־EMT ול־Ingression. | מושג כללי | 4–5 |
| Cell non-autonomous | השפעה על תא שנגרמת מאות שמקורו בתא אחר. לדוגמה, תאים בעלי Nanog גבוה מפרישים FGF4, שפועל על תאים שכנים המבטאים FGFR ומקדם בהם התמיינות ל־Primitive endoderm. | מושג כללי | 4–5 |
מסלול Wnt
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| Wnt | משפחת ליגנדים המווסתת גורל תאים, קוטביות, נדידה ויצירת צירים. | מסלול Wnt | 1–2, 8–13 |
| Porcupine (PORCN) | אנזים ב־ER שמוסיף ל־Wnt חומצת שומן בקשר O-acylation; המודיפיקציה דרושה לקישור ל־Wntless, להפרשה ולפעילות תקינה. | מסלול Wnt | 2 |
| O-acylation | הוספת חומצת שומן לשייר serine דרך אטום חמצן; ב־Wnt המודיפיקציה מבוצעת על ידי Porcupine ונדרשת להפרשה ולקישור לרצפטור. | מסלול Wnt | 2 |
| Wntless (Wls) | חלבון טרנסממברנלי המעביר Wnt מהגולג’י לממברנה ומסייע בהפרשתו. | מסלול Wnt | 2 |
| sFRP | Secreted Frizzled-related protein; קושר Wnt. בהתאם להקשר הוא יכול להתחרות על הליגנד ולעכב את המסלול, או לשאת Wnt שומני ולאפשר את פיזורו בין תאים. | Wnt - מעכב | 1–2 |
| WIF-1 | Wnt inhibitory factor 1; מעכב מופרש הקושר Wnt ומפחית את זמינותו לרצפטור. | Wnt - מעכב | 1 |
| Exosome | שלפוחית חוץ־תאית קטנה היכולה לשאת ליגנדים כגון Wnt בין תאים. | מסלול Wnt | 2 |
| Cytoneme | שלוחה תאית דקה וארוכה המעבירה ליגנדים ישירות בין תאים מרוחקים. | מסלול Wnt | 2 |
| Canonical Wnt | המסלול התלוי בייצוב β-catenin ובשינוי שעתוק דרך TCF/LEF. | מסלול Wnt | 1–2 |
| Non-canonical Wnt | מסלולי Wnt שאינם נשענים על β-catenin, למשל מסלולי קוטביות או סידן. | מסלול Wnt | 2 |
| Ror2 / Ryk | קו־רצפטורים המשמשים במסלולי Wnt לא־קנוניים ומעבירים אותות של קוטביות ושלד התא ללא β-catenin. | מסלול Wnt לא־קנוני | 2 |
| Frizzled | משפחת רצפטורים לליגנדי Wnt. מאחר שקיימים כמה רצפטורים וליגנדים בעלי חפיפה תפקודית, Knockout של Frizzled יחיד אינו מבטיח שהמסלול כולו נחסם. | מסלול Wnt | 1–2 |
| LRP5/6 | קו־רצפטור של Wnt קנוני המשתתף בגיוס רכיבי המסלול לממברנה. | מסלול Wnt | 1 |
| Destruction complex | קומפלקס המזרחן β-catenin ומכוון אותו לפירוק כאשר אין Wnt. | מסלול Wnt | 1 |
| Axin | חלבון פיגום מרכזי ב־Destruction complex המקרב את β-catenin, APC, CK1 ו־GSK-3β. | מסלול Wnt | 1–2 |
| APC | רכיב ב־Destruction complex המסייע לקשור β-catenin ולהעבירו לזרחון ולפירוק. | מסלול Wnt | 1–2 |
| CK1 | Casein kinase 1; מתחיל את רצף הזרחון של β-catenin ב־Wnt OFF ומשתתף גם בעיבוד Gli במסלול Hedgehog. | מסלולי Wnt / Hedgehog | 1–3 |
| GSK-3β | קינאז ב־Destruction complex המזרחן β-catenin ומקדם את פירוקו. | מסלול Wnt | 1 |
| β-catenin / CTNNB1 | חלבון בעל שני תפקידים: רכיב ב־Adherens junctions וקו־אקטיבטור במסלול Wnt הקנוני. בשיעור הוצג β-catenin כצוואר בקבוק שימושי לחסימת המסלול הקנוני, משום שלמרות ריבוי הליגנדים והרצפטורים יש בו אפקטור מרכזי משותף. | מסלול Wnt | 1–2, 4 |
| Armadillo repeats | האזור המרכזי החוזרני של β-catenin, המשמש משטח קישור ל־TCF/LEF, ל־cadherins ולחלבונים נוספים. | מסלול Wnt / Adherens junctions | 1 |
| TCF/LEF | פקטורי שעתוק הקושרים β-catenin ומפעילים גני מטרה של Wnt. | מסלול Wnt | 1 |
| Groucho | קו־רפרסור הנקשר ל־TCF כאשר אין β-catenin ומדכא גני מטרה. | Wnt - מעכב | 1 |
| Wnt OFF | מצב ללא ליגנד: Destruction complex פעיל, β-catenin מתפרק וגני המטרה מדוכאים. | Wnt - מצב כבוי | 1 |
| Wnt ON | מצב עם ליגנד: Destruction complex מעוכב, β-catenin מצטבר ונכנס לגרעין. | Wnt - מצב פעיל | 1 |
| DKK1 | מעכב מופרש של Wnt הנקשר ל־LRP ומסייע בסילוקו מהממברנה; חשוב להגנת האזור הקדמי. | Wnt - מעכב | 1, 10 |
| Kremen | רצפטור המסייע ל־DKK לקדם אינטרנליזציה של LRP. | Wnt - מעכב | 1 |
| ZNRF3 / RNF43 | E3 ubiquitin ligases ממברנליים המפחיתים Frizzled מהממברנה. | Wnt - מעכב | 1–2 |
| R-spondin (RSPO) | חלבון מופרש שמחזק Wnt באמצעות נטרול ZNRF3/RNF43; בהיעדר LGR הוא יכול גם לקדם סילוק של רצפטור BMP מהממברנה. | Wnt - מגביר | 1–2 |
| LGR | רצפטור ל־R-spondin; יצירת קומפלקס RSPO–LGR מסלקת את ZNRF3/RNF43 מפעילות על Frizzled. | Wnt - מגביר | 1–2 |
מסלולי TGF-β, BMP ו־Nodal
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| TGF-β superfamily | משפחת ליגנדים הכוללת BMPs, Activins ו־Nodal ופועלת דרך רצפטורי serine/threonine kinase ו־Smad. | משפחת BMP / TGF-β | 2, 8 |
| GDF | Growth differentiation factor; תת־משפחה בתוך TGF-β superfamily הקרובה ל־BMPs. | TGF-β superfamily | 2, 8 |
| BMP | Bone morphogenetic protein; משפחת אותות חשובה לדפוסי גוף, גורלות מזודרם, נוירולציה וסומיטים. | משפחת BMP / TGF-β | 1–2, 8–12 |
| BMP2 | ליגנד ממשפחת BMP המופיע בקורס כדוגמה להפעלת מסלול BMP. | משפחת BMP / TGF-β | 2 |
| BMP4 | ליגנד מרכזי ממשפחת BMP שמופרש מה־ExE ובהמשך גם מרקמות לטרליות. הוא משתתף בקביעת PGCs, בקביעת גורלות מזודרם ובדפוס הסומיטים. | משפחת BMP / TGF-β | 8, 10–12 |
| Type II receptor | רצפטור TGF-β פעיל קינאזית שמזרחן ומפעיל רצפטור Type I לאחר קישור ליגנד. | משפחת BMP / TGF-β | 2 |
| Type I receptor | רצפטור שמופעל על ידי Type II ומזרחן R-Smads. | משפחת BMP / TGF-β | 2 |
| Smad1/5/8 | R-Smads המזורחנים בעיקר downstream ביחס ל־BMP receptors. | מסלול BMP | 2 |
| Smad2/3 | R-Smads המופעלים בעיקר downstream ביחס ל־Activin/Nodal receptors. | מסלול Nodal / Activin | 2, 8, 13 |
| BMP receptor 1A | רצפטור Type I של BMP; RSPO יכול לקדם את האינטרנליזציה שלו כאשר LGR אינו זמין. | משפחת BMP / TGF-β | 2 |
| R-Smad | Receptor-regulated Smad; ה־Smad המזורחן ישירות על ידי רצפטור Type I. | משפחת BMP / TGF-β | 2 |
| Co-Smad / Smad4 | שותף אוניברסלי ל־R-Smads היוצר עמם קומפלקס שעתוק ונכנס לגרעין. | משפחת BMP / TGF-β | 2 |
| I-Smad | Inhibitory Smad; ה־Smad6/7 המעכבים את הרצפטור או מגייסים מנגנוני פירוק. | BMP - מעכב | 2 |
| Pro-domain | החלק בקודמן של ליגנד TGF-β המסייע לקיפול ולהפרשה ומוסר בביקוע פרוטאוליטי. | TGF-β superfamily | 2, 8 |
| Proprotein convertase | פרוטאז המבקע pro-ligands באתר מוגדר ומפריד בין ה־pro-domain לצורה הבוגרת. | TGF-β superfamily | 2, 8 |
| Mature ligand | הדומיין הבוגר שנותר לאחר הביקוע הפרוטאוליטי של הקודמן. בדרך כלל הוא יוצר דימר פעיל שנקשר לרצפטורים. | TGF-β superfamily | 2, 8 |
| Smurf | E3 ubiquitin ligase המגויס על ידי I-Smad ומקדם פירוק של רכיבי הרצפטור. | BMP - מעכב | 2 |
| Noggin | מעכב BMP מופרש הקושר את הליגנד ומונע ממנו להגיע לרצפטור. | BMP - מעכב | 2, 11 |
| V-shape | קונפורמציה פתוחה של קומפלקס ליגנד–רצפטורים המאפשרת ל־Type II לזרחן את Type I. | משפחת BMP / TGF-β | 2 |
| Closed-shape | קונפורמציה סגורה של קומפלקס הרצפטורים לפני השינוי המאפשר הפעלה מלאה. | משפחת BMP / TGF-β | 2 |
| Nodal | ליגנד ממשפחת TGF-β המעצב את ה־DVE/AVE, הגסטרולציה ואת ציר ימין–שמאל. | מסלול Nodal | 8–10, 13–14 |
| Activin | ליגנד ממשפחת TGF-β המשתמש במסלול דומה ל־Nodal ומפעיל Smad2/3. | מסלול Nodal | 8 |
| Cripto | קו־רצפטור ממשפחת EGF-CFC המחובר לממברנה בעוגן GPI. הוא נדרש ל־Nodal, בעוד Activin יכול להפעיל את הרצפטורים ללא Cripto. | מסלול Nodal | 8, 13 |
| EGF-CFC family | משפחת קו־רצפטורים הכוללת Cripto; חלבונים אלה מחוברים לממברנה בעוגן GPI ומאפשרים Nodal signaling. | מסלול Nodal | 8, 13 |
| Pro-Nodal | הצורה הלא־מבוקעת של Nodal. בניגוד לרוב ה־pro-ligands במשפחת TGF-β, גם היא פעילה - אך חלשה מהצורה הבוגרת. | מסלול Nodal | 8 |
| Furin | Proprotein convertase המבקע Pro-Nodal; יכול להיות מופרש מתאים סמוכים ולפעול גם מחוץ לתא. | מסלול Nodal | 8, 13 |
| PACE4 | Proprotein convertase נוסף המעבד Pro-Nodal ויכול להשלים את פעילות Furin. | מסלול Nodal | 8, 13 |
| Lefty | מעכב מופרש של Nodal המגביל את האות בזמן ובמרחב. בשלב שלפני הגסטרולציה Lefty1 פועל יחד עם Cer1 באזור הקדמי; היתירות ביניהם מסבירה מדוע פגיעה ברכיב יחיד עשויה להיות מפוצה. | Nodal - מעכב | 8–10, 13–14 |
| Lefty1 | Lefty המתבטא בעיקר בקו האמצע ויוצר מחסום בין צד שמאל לצד ימין. | Nodal - מעכב | 8–9, 13–14 |
| Lefty2 | Lefty המתבטא בצד שמאל של ה־LPM ומגביל את תחום ומשך פעילות Nodal. | Nodal - מעכב | 13–14 |
| Cerberus / Cer1 | מעכב מופרש המתבטא ב־DVE/AVE ומסייע לדכא אותות posteriorizing באזור הקדמי. בשיעור הודגמה יתירות בינו לבין Lefty1: Cer1 knockout יחיד אינו בהכרח יוצר פנוטיפ, ואילו פגיעה בשניהם עלולה לאפשר יצירת שני Primitive streaks ושני צירים. | Nodal - מעכב | 1, 8–10 |
מסלול FGF, RTK ו־Ras/MAPK
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| FGF | Fibroblast growth factor; משפחת ליגנדים המפעילה רצפטורי FGFR ומסלולים כגון Ras–ERK. בהחלטת הגורל השנייה FGF4 המופרש מתאים בעלי Nanog גבוה פועל על תאים שכנים ומקדם בהם את תוכנית Gata6/Gata4 של Primitive endoderm. | מסלול FGF / RTK | 1–2, 5, 10–12 |
| FGFR | רצפטור tyrosine kinase לליגנדי FGF. | מסלול FGF / RTK | 2, 5, 10 |
| RTK | Receptor tyrosine kinase; רצפטור המזרחן שיירי טירוזין לאחר דימריזציה. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| Receptor dimerization | קירוב שני רצפטורי RTK בעקבות קישור ליגנד, המאפשר ל־domains הקינאזיים לזרחן זה את זה. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| Constitutive activity | פעילות של חלבון או רצפטור גם ללא האות שאמור להפעיל אותו. מוטציה כזאת יכולה להשאיר מסלול במצב פעיל באופן קבוע. | עקרון בסיגנלינג | 2 |
| Trans-autophosphorylation | לאחר דימריזציה כל דומיין קינאז מזרחן שיירי טירוזין ברצפטור השכן; לכן מדובר בזרחון הדדי בתוך הדימר. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| Docking site | שייר מזורחן המשמש אתר קישור לחלבוני אדפטור או אנזימים. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| FGFR D1/D2/D3 | שלושת הדומיינים החוץ־תאיים דמויי immunoglobulin של FGFR; D2/D3 משתתפים בקישור ליגנד. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| Alternative splicing of FGFR | שחבור חליפי, בעיקר בדומיין D3, משנה את הספציפיות של FGFR לליגנדי FGF שונים. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| Acid box | אזור חומצי ב־FGFR המווסת אינטראקציות וקישור HSPG. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| PLC-γ | אנזים המופעל על ידי RTK ומבקע PIP2 ל־IP3 ול־DAG. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| PIP2 | פוספוליפיד ממברנלי: PLC-γ מבקע אותו ל־IP3 ול־DAG, ואילו PI3K מזרחן אותו ל־PIP3. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| IP3 | תוצר מסיס של ביקוע PIP2 המעודד שחרור סידן מה־ER. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| DAG | תוצר ממברנלי של ביקוע PIP2 המפעיל חלבונים כגון PKC. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| PKC | Protein kinase C; משפחת קינאזים המופעלת downstream ביחס ל־DAG ולעיתים גם $\ce{Ca²⁺}$. | מסלול FGF / PLC-γ | 2 |
| PI3K | קינאז המוסיף פוספט ל־PIP2 ויוצר PIP3, ובכך מגייס חלבוני איתות לממברנה. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| PIP3 | פוספוליפיד איתות שנוצר על ידי PI3K ומשמש אתר עגינה לחלבונים בעלי PH domain. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| FRS2α | אדפטור הנקשר ל־FGFR ומגייס רכיבים למסלולי Ras/MAPK ו־PI3K. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| GRB2 | אדפטור המחבר רצפטור או FRS2 למפעילים של Ras ולרכיבי PI3K. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| GAB1 | חלבון אדפטור המסייע בגיוס PI3K למסלול FGF. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| Ras | GTPase קטנה שפעילה כשהיא קשורה ל־GTP ואינה פעילה כשהיא קשורה ל־GDP. Ras פעיל מתחיל את שרשרת Raf–MEK–ERK. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| GDP/GTP switch | Ras כבוי כשהוא קשור ל־GDP ופעיל כשהוא קשור ל־GTP. | מסלול FGF / RTK | 2–3 |
| GEF | Guanine nucleotide exchange factor; מחליף GDP ב־GTP ומפעיל GTPase. | מסלול FGF / RTK | 2–3 |
| SOS | GEF מרכזי המפעיל Ras. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| GAP | GTPase-activating protein; מאיץ הידרוליזת GTP ומכבה GTPase. | מסלול FGF / RTK | 2–3 |
| Raf | MAPKKK המופעל על ידי Ras ומזרחן MEK. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| MEK | MAPKK המזרחן את ERK. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| ERK / MAPK | הקינאז הסופי בשרשרת Ras–Raf–MEK–ERK, המשנה פעילות חלבונים ושעתוק. בהחלטת הגורל השנייה הפעלתו downstream ל־FGFR מקדמת Gata6 ובהמשך Gata4, וכך תומכת בזהות Primitive endoderm. | מסלול FGF / RTK | 2, 5 |
| ELK / FOS | פקטורי שעתוק downstream ביחס ל־ERK המתרגמים פעילות MAPK לשינוי בביטוי גנים. | מסלול FGF / Ras–MAPK | 2 |
| SHP2 | פוספטאז שמחזק את מסלול Ras–MAPK. בין היתר הוא מסיר זרחונים שיוצרים אתרי קישור ל־Ras-GAP על FRS2 וכך מפחית גיוס של מעכב Ras. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| Sprouty | מעכב משוב פנימי של FGF/Ras–MAPK. | FGF - משוב מעכב | 2 |
| SEF / IL17RD | מעכב של מסלול FGF המפחית העברת אות אל ERK. | FGF - משוב מעכב | 2 |
| Pyk / Fer | קינאזות במורד RTK היכולות לזרחן רכיבי adherens junctions ולשנות קישור α-catenin. | מסלול FGF / RTK | 2 |
| Rho GTPases | GTPases קטנות המווסתות שלד תא, קוטביות, כיווץ ונדידה. | מסלול FGF / RTK | 2, 10 |
מסלולי Hedgehog ו־Notch
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| Hedgehog family | משפחת ליגנדים הכוללת Shh, Ihh ו־Dhh. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Sonic Hedgehog (Shh) | ליגנד מורפוגני מרכזי בדפוסי צינור העצבים, סומיטים ואיברים נוספים. | מסלול Hedgehog | 3, 11 |
| Indian Hedgehog (Ihh) | ליגנד נוסף ממשפחת Hedgehog. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Desert Hedgehog (Dhh) | ליגנד נוסף ממשפחת Hedgehog. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Patched / Ptch1 | הרצפטור ל־Hedgehog; בהיעדר ליגנד הוא מעכב את Smoothened. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Ptch2 | רצפטור נוסף ממשפחת Patched היכול לקשור Hedgehog ולווסת Smoothened. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Smoothened (Smo) | חלבון בעל שבעה מקטעים טרנסממברנליים המעביר את אות Hedgehog לאחר ש־Patched חדל לעכבו; הוא דמוי-GPCR אך אינו רצפטור GPCR קלאסי. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Gli full-length (GliFL) | הצורה המלאה של פקטור השעתוק Gli לפני הפיכתו לרפרסור או לאקטיבטור. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Gli1 / Gli2 / Gli3 | שלושת פקטורי השעתוק העיקריים של Hedgehog ביונקים; Gli2 פועל בעיקר כאקטיבטור, Gli3 בעיקר כרפרסור, ו־Gli1 הוא בעיקר גן מטרה ואקטיבטור. | מסלול Hedgehog | 3, 11 |
| SUFU | Suppressor of fused; קושר GliFL ומווסת את מיקומו ואת עיבודו לרפרסור או לאקטיבטור. | מסלול Hedgehog | 3 |
| GliR | צורה מקוצרת ורפרסורית של Gli הנוצרת בהיעדר Hedgehog. | Hedgehog - רפרסיה | 3 |
| GliA | הצורה האקטיבטורית של Gli full-length שמצטברת כאשר Hedgehog פעיל ומפעילה גני מטרה. | Hedgehog - אקטיבציה | 3 |
| Primary cilium | שלוחה תאית יחידה המבוססת לרוב על אקסונמה 9+0 ומשמשת מרכז איתות. רבות מהסיליות הראשוניות אינן מוטיליות, אך סיליות ה־Pit cells ב־Node הן 9+0 ומוטיליות. | סיליה / מנגנון תנועה | 3, 9, 13–14 |
| Axoneme | שלד המיקרוטובולים הפנימי של סיליה. | סיליה / מנגנון תנועה | 3 |
| 9+0 axoneme | תשעה doublets היקפיים ללא זוג מרכזי; אופייני לרוב הסיליות הראשוניות וגם לסיליות ה־Node. | סיליה / מבנה | 3, 13–14 |
| 9+2 axoneme | תשעה doublets היקפיים וזוג מיקרוטובולים מרכזי; מבנה אופייני לרבות מהסיליות המוטיליות בדרכי הנשימה. | סיליה / מבנה | 3, 13 |
| Transition zone | מחסום סלקטיבי בבסיס הסיליה הכולל Y-links ומווסת אילו חלבונים נכנסים למדור הסיליארי. | סיליה / מבנה | 3 |
| Basal body | צנטריולה מותאמת המעגנת את הסיליה לממברנה וממנה נבנית האקסונמה. | סיליה / מבנה | 3 |
| A-tubule / B-tubule | שני המיקרוטובולים המרכיבים doublet באקסונמה; A מלא ו־B חלקי. | סיליה / מנגנון תנועה | 3 |
| IFT-A / IFT-B | Intraflagellar transport complexes הנושאים חלבונים לאורך האקסונמה; IFT-B קשור בעיקר לתנועה אנטרוגרדית ו־IFT-A לרטרוגרדית. | סיליה / הובלה | 3 |
| Kinesin | מנוע מיקרוטובולרי המוביל מטעני IFT מהבסיס אל קצה הסיליה. | סיליה / הובלה | 3 |
| Dynein-2 | מנוע ציטופלזמטי המוביל רכבות IFT מקצה הסיליה חזרה לבסיס. | סיליה / הובלה | 3 |
| Motile cilium | סיליה הנעה באמצעות Axonemal dynein. המבנה שלה יכול להיות 9+2, או 9+0 בסיליות המוטיליות של Pit cells ב־Node. | סיליה / תנועה | 3, 13–14 |
| Anterograde transport | תנועת IFT מהבסיס אל קצה הסיליה בכיוון ה־plus end, בעיקר בעזרת kinesin. | סיליה / מנגנון תנועה | 3 |
| Retrograde transport | תנועת IFT מקצה הסיליה חזרה לבסיס בכיוון ה־minus end, בעזרת dynein. | סיליה / מנגנון תנועה | 3 |
| GPCR | G-protein-coupled receptor; רצפטור בעל שבעה מקטעים טרנסממברנליים המפעיל חלבוני G. | סיליה / מנגנון תנועה | 3 |
| Adenylyl cyclase | אנזים המייצר cAMP מ־ATP. | סיליה / מנגנון תנועה | 3 |
| cAMP | שליח שניוני המפעיל בין היתר PKA. | סיליה / מנגנון תנועה | 3 |
| PKA | Protein kinase A; במסלול Shh פעילותו תורמת ליצירת GliR. | סיליה / מנגנון תנועה | 3 |
| Cholesterol modification | חיבור קוולנטי של כולסטרול לקצה הקרבוקסילי של HhN במהלך הביקוע העצמי של קודמן Shh. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Palmitoylation | הוספת palmitate לקצה Shh, הנדרשת לפעילות מלאה. | מסלול Hedgehog | 3 |
| HhN / HhC | הקודמן של Hedgehog עובר ביקוע עצמי לשני חלקים: HhN הוא הליגנד הסיגנלי, ו־HhC הוא הדומיין שמבצע את הביקוע ומעביר כולסטרול ל־HhN. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Autoproteolysis of Shh | ביקוע עצמי של קודמן Shh שבו HhC משחרר את HhN ומחבר אליו כולסטרול. | מסלול Hedgehog | 3 |
| HHAT / Skinny hedgehog | אצילטרנספראז המוסיף palmitate לקצה האמיני של Shh ונדרש לפעילותו המלאה. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Dispatch | חלבון ממברנלי הדרוש לשחרור Shh שעבר Cholesterol modification מהתא המפריש ולהעברתו לנשאים חוץ־תאיים. | מסלול Hedgehog | 3 |
| SCUBE | חלבון מופרש הקושר את המודיפיקציות הליפידיות של Shh ומסייע לשאתו בסביבה החוץ־תאית. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Cdon / Boc | קו־רצפטורים המסייעים לקליטת Hedgehog. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Gas1 | קו־רצפטור של Hedgehog המחובר לממברנה בעוגן GPI ומסייע להעברת Shh אל Patched. | מסלול Hedgehog | 3 |
| Notch | מסלול איתות התלוי במגע ישיר בין תאים ומשנה שעתוק באמצעות ביקוע הרצפטור. | מסלול Notch | 3, 11–12 |
| Notch1–4 | ארבעת רצפטורי Notch העיקריים ביונקים. | מסלול Notch | 3 |
| EGF-like repeats | חזרות חוץ־תאיות ברצפטור Notch המשתתפות בקישור ליגנד ובמודיפיקציות סוכר. | מסלול Notch | 3 |
| O-Fut / POFUT1 | O-fucosyltransferase המוסיף fucose ל־EGF-like repeats של Notch ומשנה את תכונות הקישור לליגנדים. | מסלול Notch | 3 |
| LNR domains | דומיינים ברצפטור Notch המסייעים למנוע הפעלה לא מבוקרת. | מסלול Notch | 3 |
| DSL domain | דומיין שמור בליגנדי Notch המתווך קישור לרצפטור. | מסלול Notch | 3 |
| Delta-like / Jagged | משפחות הליגנדים הטרנסממברנליים העיקריות של Notch; הקישור מחייב מגע ישיר בין תאים. | מסלול Notch | 3, 12 |
| TACE / ADAM protease | פרוטאז המבצע את הביקוע החוץ־ממברנלי הראשון של Notch לאחר קישור ליגנד. | מסלול Notch | 3 |
| γ-secretase | קומפלקס פרוטאוליטי המבקע Notch בתוך הממברנה ומשחרר NICD. | מסלול Notch | 3 |
| NICD | Notch intracellular domain; החלק המשתחרר ונכנס לגרעין להפעלת גני מטרה. | מסלול Notch | 3 |
| NLS | Nuclear localization signal; רצף המאפשר כניסת חלבון לגרעין. | מסלול Notch | 3 |
| TAD | Transactivation domain ב־NICD המגייס קו־אקטיבטורים ומסייע להפעלת השעתוק. | מסלול Notch | 3 |
| CSL | פקטור השעתוק המרכזי של Notch. ללא NICD הוא קשור לקו־רפרסורים ומדכא גני מטרה; לאחר קישור NICD הוא נעשה חלק מקומפלקס שעתוק אקטיבטורי. | מסלול Notch | 3 |
Cleavage, בלסטוציסט והחלטות גורל מוקדמות
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| Zygote - זיגוטה | התא הראשון של העובר, הנוצר בעקבות ההפריה. בתחילה הוא מכיל Pronucleus אימהי ו־Pronucleus אבהי לפני איחוי החומר הגנטי; החלוקה המיטוטית הראשונה של הזיגוטה פותחת את שלב ה־Cleavage. | Cleavage / קדם-השרשה | 4, 6 |
| Fertilization - הפריה | האירוע שבו תא הזרע מפעיל את האואוציט, משחרר אותו מ־Metaphase II arrest ומשלים את Meiosis II. בעקבותיו נוצרת זיגוטה המכילה Pronucleus אימהי ו־Pronucleus אבהי. | Cleavage / קדם-השרשה | 4 |
| Pronucleus | גרעין הפלואידי ממקור אימהי או אבהי שנראה בזיגוטה לפני יצירת גרעין משותף. נוכחות שני Pronuclei מעידה שההפריה התרחשה ושהחלוקה הראשונה עדיין לא התחילה. | Cleavage / קדם-השרשה | 4 |
| Mitosis - מיטוזה | חלוקת תא שבה הכרומטידות האחיות נפרדות לשני תאי בת בעלי הרכב גנטי דומה. | תהליך | 4 |
| Oocyte meiotic maturation | חידוש המיוזה באואוציט הראשוני בעקבות אות הורמונלי, פירוק ה־Germinal vesicle, השלמת Meiosis I וחלוקה א־סימטרית שיוצרת את ה־Polar body הראשון. האואוציט המשני מתחיל Meiosis II ונעצר ב־Metaphase II עד ההפריה. | Cleavage / קדם-השרשה | 4 |
| Prophase I arrest | עצירה ממושכת של האואוציט הראשוני בפרופאזה I, המתחילה עוד לפני הלידה. בתקופה זו גרעין האואוציט נראה כ־Germinal vesicle, והאואוציט גדל וצובר בין היתר RNA אימהי שישמש את העובר המוקדם. | Cleavage / קדם-השרשה | 4, 7 |
| Polar body | תא קטן שנוצר בחלוקה הא־סימטרית של האואוציט. הוא מקבל סט כרומוזומים אך מעט מאוד ציטופלזמה. ה־Polar body הראשון נוצר בסיום Meiosis I, והשני בסיום Meiosis II לאחר ההפריה. | Cleavage / קדם-השרשה | 4, 7 |
| Cleavage | סדרת החלוקות המיטוטיות הראשונות של הזיגוטה. מכיוון שה־Zona pellucida מגבילה את גודל העובר ואין גדילה כוללת משמעותית בין החלוקות, מספר התאים עולה וכל Blastomere נעשה קטן יותר. | Cleavage / קדם-השרשה | 4, 6–7 |
| Blastomere | אחד התאים הנוצרים בחלוקות ה־Cleavage. לבלסטומרים המוקדמים פוטנציאל התפתחותי רחב, ובהדרגה נוצרים ביניהם הבדלים במיקום, בקוטביות, בביטוי גנים ובהסתברות לתרום לשושלות שונות. | Cleavage / קדם-השרשה | 4, 6 |
| Morula - מורולה | גוש בלסטומרים קומפקטי בתוך ה־Zona pellucida, לפני הופעת חלל ה־Blastocoel. סביב שלבי 8–16 תאים מתרחשים Compaction ו־Polarization, ונוצרות לראשונה אוכלוסיות של תאים חיצוניים ופנימיים. | Cleavage / קדם-השרשה | 4 |
| Compaction | תהליך המתחיל סביב שלב שמונת התאים ובו הבלסטומרים מגדילים את שטח המגע ונצמדים בחוזקה. E-cadherin מתארגן ב־Adherens junctions ושלוחות F-actin מסוג Filopodia מסייעות למשוך את התאים זה אל זה. Compaction ו־Polarization מתרחשים במקביל אך אינם אותו מנגנון. | Cleavage / קדם-השרשה | 4–6 |
| Cavitation | יצירת כיסי נוזל קטנים בין התאים ואיחוי הדרגתי שלהם ל־Blastocoel. $\ce{Na⁺/K⁺-ATPase}$ ב־Basolateral domain של התאים החיצוניים יוצרת מפל אוסמוטי שמושך מים דרך התאים, ו־Tight junctions מונעים את יציאת הנוזל במסלול שבין התאים. | Cleavage / קדם-השרשה | 4–5 |
| Blastocoel | החלל הנוזלי של הבלסטוציסט, הנוצר מאיחוי כיסי נוזל קטנים. גדילתו דוחפת את התאים כלפי חוץ, מסייעת להפרדת ה־ICM מה־TE, והלחץ הנוצר בו תורם ליציאת העובר דרך הפתח ב־Zona pellucida בזמן Hatching. | Cleavage / קדם-השרשה | 4–6 |
| Blastocyst | שלב הכולל אפיתל חיצוני של Trophectoderm, קבוצת תאים פנימית ICM ו־Blastocoel. בשיעור הוא תואר כנקודת מעבר שבה החלטות הגורל נעשות יציבות יותר, אף שהמחויבות מתפתחת בהדרגה ולא בבת אחת בכל התאים. | Cleavage / קדם-השרשה | 4–8 |
| Hatching | יציאת ה־Blastocyst מה־Zona pellucida לפני ההשרשה. העובר מפריש Proteases היוצרים פתח מקומי, ולחץ הנוזל ב־Blastocoel מסייע לדחוף את העובר דרך הפתח. | תהליך | 4 |
| 16-cell embryo | שלב מורולה שבו חלוקות סימטריות וא־סימטריות יצרו תאים חיצוניים מקוטבים ותאים פנימיים פחות מקוטבים. ניסויי הפרדה ואגרגציה הראו שבשלב זה גם אוכלוסיות פנימיות וגם חיצוניות עדיין יכולות, בתנאים מתאימים, לארגן מחדש בלסטוציסט שלם. | Cleavage / קדם-השרשה | 4–6 |
| 32-cell embryo | שלב בלסטוציסט מוקדם שבו המחויבות לשושלת ה־TE כבר יציבה יותר. אגרגט של תאים חיצוניים משלב זה מסוגל ליצור אפיתל וחלל אך בדרך כלל אינו משחזר ICM, בעוד שתאים פנימיים עדיין מגלים פוטנציאל רחב יותר. | Cleavage / קדם-השרשה | 4–5 |
| Commitment - מחויבות לגורל | מצב שבו תא או אוכלוסיית תאים ממשיכים להתפתח לגורל מסוים גם לאחר בידוד או שינוי הסביבה. ניסויי אגרגציה הראו שהמחויבות נוצרת בהדרגה: תאים חיצוניים בשלב 16 התאים גמישים יותר מתאים חיצוניים בשלב 32 התאים. | מושג כללי | 4–5 |
| Zona pellucida | מעטפת גליקופרוטאינית קשיחה יחסית סביב הביצית והעובר המוקדם. היא משתתפת בזיהוי הזרע ומגבילה את התרחבות העובר בזמן ה־Cleavage, ולכן כל חלוקה יוצרת בלסטומרים קטנים יותר. לפני ההשרשה העובר יוצר בה פתח מקומי ויוצא דרכו ב־Hatching. | Cleavage / קדם-השרשה | 4, 7 |
| Primary oocyte | תא קו נבט נקבי שנכנס למיוזה ונעצר בפרופאזה I. הוא גדל בתוך הזקיק, מכיל Germinal vesicle גדול וצובר רכיבים אימהיים הדרושים להבשלה ולהתפתחות העובר המוקדם. | Cleavage / קדם-השרשה | 4 |
| Somatic cell | תא של גוף האורגניזם שאינו שייך לקו הנבט. לפי ההבחנה בשיעור הוא מתחלק במיטוזה, בעוד שתאי קו הנבט מסוגלים לעבור גם מיוזה לצורך יצירת גמטות. | שושלת תאי המין | 4 |
| Germ cell | תא קו נבט לאחר שהתיישב בגונדה. הוא נבדל מ־PGC, שנוצר ונודד לפני קיום הגונדה, ומ־Gamete, שהיא ביצית או תא זרע בשלים הנוצרים לאחר התמיינות ומיוזה. | שושלת תאי המין | 4 |
| Gamete - גמטה | תא מין הפלואידי - ביצית או תא זרע - שנוצר מתאי Germ line ויכול להשתתף בהפריה. Gamete אינו שם נרדף ל־Germ cell או ל־PGC. | שושלת תאי המין | 4 |
| Germinal vesicle | גרעין האואוציט הראשוני בזמן העצירה בפרופאזה I. פירוק מעטפתו, GVBD, הוא סימן מורפולוגי לחידוש המיוזה ולתחילת Oocyte meiotic maturation. | Cleavage / קדם-השרשה | 4 |
| Secondary oocyte | האואוציט לאחר השלמת Meiosis I והפרשת ה־polar body הראשון. הוא מתחיל Meiosis II ונעצר במטאפזה II; רק ההפריה משחררת את העצירה ומאפשרת את השלמת החלוקה. | Cleavage / קדם-השרשה | 4, 7 |
| GVBD | Germinal vesicle breakdown; פירוק מעטפת הגרעין של האואוציט בעקבות חידוש המיוזה. האירוע מסמן יציאה מהעצירה בפרופאזה I ומתרחש לפני השלמת Meiosis I. | Cleavage / קדם-השרשה | 4 |
| Meiosis I | חלוקת ההפחתה שבה הכרומוזומים ההומולוגיים נפרדים. באואוציט החלוקה א־סימטרית: רוב הציטופלזמה נשארת באואוציט המשני, וסט הכרומוזומים השני עובר ל־Polar body הראשון. | Cleavage / קדם-השרשה | 4 |
| Meiosis II | החלוקה שבה הכרומטידות האחיות נפרדות. האואוציט מתחיל אותה ונעצר ב־Metaphase II; ההפריה משחררת את העצירה, מאפשרת להשלים את החלוקה ומובילה להפרשת ה־Polar body השני. | Cleavage / קדם-השרשה | 4 |
| Metaphase II arrest | עצירת האואוציט המשני במטאפזה II לאחר הביוץ. ההפריה מפעילה את האואוציט, משחררת את העצירה ומאפשרת להשלים את Meiosis II. | Cleavage / קדם-השרשה | 4, 7 |
| Maternal RNA | RNA שנוצר ונאגר באואוציט במהלך גדילתו ומשמש לתרגום ולבקרה בעובר לפני הפעלה מלאה של הגנום הזיגוטי. בעכבר הוא תומך בשלבים הראשונים עד סביב ZGA בשלב שני התאים ולאחר מכן מתפרק בהדרגה. | Cleavage / קדם-השרשה | 4–5 |
| Totipotency | יכולת ליצור את גוף העובר ואת הרקמות החוץ־עובריות הדרושות להתפתחות עובר שלם. לעומת זאת, תא Pluripotent יכול לתרום לכל רקמות גוף העובר אך אינו יכול לבדו ליצור את כל הרקמות הדרושות לעובר שלם. | Cleavage / קדם-השרשה | 4 |
| Pluripotency | יכולת ליצור את כל סוגי התאים של גוף העובר ושלוש שכבות הנבט, בלי יכולת עצמאית ליצור את כלל הרקמות החוץ־עובריות ולבנות עובר שלם. תרומת ESC מסומנים למגוון רקמות בכימרה משמשת מבחן לפלוריפוטנטיות. | שושלת עוברית - Epiblast/ICM | 4–6 |
| Self-renewal | חלוקה שבה לפחות תא בת אחד שומר על זהות תא הגזע ועל פוטנציאל ההתמיינות שלו. | תאי גזע | 4 |
| Stem-cell maintenance | חלוקה השומרת על גודל מאגר תאי הגזע. | שושלת עוברית - Epiblast/ICM | 4 |
| Stem-cell expansion | חלוקה המגדילה את מאגר תאי הגזע. | שושלת עוברית - Epiblast/ICM | 4 |
| Stem-cell exhaustion | אובדן הדרגתי של מאגר תאי הגזע עקב התמיינות ללא חידוש מספיק. | שושלת עוברית - Epiblast/ICM | 4 |
| Embryonic stem cells | תאים פלוריפוטנטיים שמקורם ב־ICM וניתנים לשימור ולהתרבות בתרבית בתנאים מתאימים. לאחר הזרקתם לבלסטוציסט הם יכולים להשתלב ב־ICM ולתרום לרקמות רבות של העובר הכימרי. | שושלת עוברית - Epiblast/ICM | 4 |
| Inner cell mass (ICM) | קבוצת התאים הפנימית בבלסטוציסט. בתחילה מעורבבים בה תאים בעלי Nanog גבוה ותאים בעלי Gata6 גבוה, ובהמשך הם מתארגנים לשתי אוכלוסיות נפרדות: Epiblast ו־Primitive endoderm. | שושלת עוברית - Epiblast/ICM | 4–6 |
| Trophectoderm (TE) | האפיתל החיצוני של הבלסטוציסט, שמקורו בתאים החיצוניים המקוטבים. הוא יוצר Tight junctions שמונעים דליפת נוזל מה־Blastocoel ומבטא Cdx2; לאחר ההשרשה הוא ממשיך לשושלת ה־Trophoblast ולרכיבים חוץ־עובריים. | שושלת חוץ־עוברית - TE/Trophoblast | 4–7 |
| Trophoblast | השושלת הנגזרת מה־Trophectoderm לאחר יצירת הבלסטוציסט ובמהלך ההשרשה. בניסוי Outgrowth תאי Trophoblast תקינים יוצאים מהבלסטוציסט ומתפשטים על המצע, תכונה שנפגעת בעוברים חסרי Cdx2. | שושלת חוץ־עוברית - TE/Trophoblast | 4, 7 |
| Polar trophectoderm | החלק של ה־TE הסמוך ל־ICM בקוטב העוברי. לאחר ההשרשה הוא תורם בין היתר ל־Extraembryonic ectoderm, בניגוד ל־Mural trophectoderm המרוחק מה־ICM. | שושלת חוץ־עוברית - TE/Trophoblast | 6–8 |
| Mural trophectoderm | החלק של ה־TE המרוחק מה־ICM ומקיף את רוב ה־Blastocoel בקוטב הלא־עוברי. ההבחנה בינו לבין Polar trophectoderm מגדירה את הציר Embryonic–Abembryonic. | שושלת חוץ־עוברית - TE/Trophoblast | 6–7 |
| First cell fate decision | ההפרדה בין תאים חיצוניים מקוטבים, שבהם Cdx2 גבוה והם מתפתחים ל־TE, לבין תאים פנימיים שבהם Hippo פעיל, נשמר ביטוי Oct4/Nanog/Sox2 והם מתפתחים ל־ICM. ההחלטה נוצרת בהדרגה מתוך קשר הדדי בין מיקום, קוטביות, מישור החלוקה ורשת פקטורי השעתוק. | תהליך | 4–6 |
| First wave of internalization | הגל המוקדם שבו חלוקות א־סימטריות יוצרות תאים פנימיים. לפי המודל שנלמד, לתאים אלה נטייה לביטוי Nanog גבוה, להפרשת FGF4 ולהסתברות גבוהה יותר לתרום ל־Epiblast. | תהליך | 5 |
| Second wave of internalization | גל מאוחר יותר של תאים שנכנסים ל־ICM. הם נחשפים ל־FGF4 מהאוכלוסייה המוקדמת, מבטאים FGFR ו־Gata6 ובעלי הסתברות גבוהה יותר לתרום ל־Primitive endoderm. | תהליך | 5 |
| Second cell fate decision | ההפרדה בתוך ה־ICM בין Epiblast לבין Primitive endoderm. תאים בעלי Nanog גבוה נוטים ל־Epiblast ומפרישים FGF4; תאים בעלי FGFR ו־Gata6 מגיבים ל־FGF–ERK, מעלים Gata4 ונוטים ל־PrE. תחילה מתקבל דגם Salt-and-pepper ולאחר מכן Cell sorting. | תהליך | 4–5 |
| Epiblast | האוכלוסייה הפלוריפוטנטית שממנה נוצר גוף העובר וכל שלוש שכבות הנבט. בבלסטוציסט היא מאופיינת ב־Nanog/Oct4/Sox2 גבוהים; לאחר ההשרשה היא יוצרת מבנה כוסי ב־Egg cylinder, ותאיה הם המקור לשכבות הנבט בגסטרולציה. | שושלת עוברית - Epiblast/ICM | 4–10 |
| Primitive endoderm (PrE) | שושלת חוץ־עוברית שנוצרת בתוך ה־ICM מתאים בעלי Gata6 ו־Gata4 גבוהים. לאחר Cell sorting היא מתמקמת על פני ה־ICM הפונים ל־Blastocoel ובהמשך מתמיינת ל־Visceral endoderm ול־Parietal endoderm. | שושלת PrE | 4–8 |
| Oct4 / POU5F1 | פקטור שעתוק מרכזי ברשת הפלוריפוטנטיות. בתחילה הוא מתבטא ברוב תאי המורולה; בהמשך ביטויו גבוה יותר ב־ICM ונמוך יותר ב־TE, ולבסוף הוא נשמר בעיקר ב־ICM. הוא פועל עם Nanog ו־Sox2 ומדוכא בתוכנית ה־TE הנשלטת בידי Cdx2. | שושלת עוברית - Epiblast/ICM | 4–6 |
| Nanog | פקטור שעתוק של פלוריפוטנטיות וזהות Epiblast. הוא משתתף ברשת בקרה חיובית עם Oct4 ו־Sox2, מדכא באותו תא את תוכנית Gata6/Gata4 ומעודד הפרשת FGF4, שמקדם באופן Cell non-autonomous את התמיינות התאים השכנים ל־PrE. | שושלת עוברית - Epiblast/ICM | 4–6 |
| Cdx2 | פקטור שעתוק של התאים החיצוניים ושל שושלת ה־TE. הוא מקדם קוטביות ומבנה אפיתליאלי ומדכא את תוכנית Oct4/Nanog. ב־Cdx2 knockout מתחיל להיווצר חלל אך מחסום ה־Tight junctions קורס, התאים שומרים סמני ICM ולא מתקבלת התפשטות trophoblast תקינה. | שושלת חוץ־עוברית - TE/Trophoblast | 4–6 |
| Gata6 | פקטור שעתוק מוקדם של תוכנית Primitive endoderm. הפעלת FGF–FGFR–ERK מקדמת אותו; הוא מדכא גורמי פלוריפוטנטיות ו־FGF4 ומעודד ביטוי רצפטורים ל־FGF, וכך מייצב את ה־PrE. ב־Gata6 knockout חסרה אוכלוסיית PrE. | שושלת PrE | 4–5 |
| Gata4 | פקטור שעתוק המופיע בהמשך ל־Gata6 ומסמן זהות PrE בשלה יותר. תאים בעלי Gata4 גבוה עוברים מיון אל פני ה־ICM הפונים ל־Blastocoel ובהמשך תורמים ל־Visceral ול־Parietal endoderm. | שושלת PrE | 4–5 |
| Salt-and-pepper expression | דגם זמני בתוך ה־ICM שבו תאים בעלי Nanog גבוה ותאים בעלי Gata6 גבוה מעורבבים זה בזה ללא הפרדה מרחבית מסודרת. הדגם משקף קבלת החלטת גורל לפני שה־Cell sorting מארגן את האוכלוסיות במקומן. | תהליך | 4 |
| Cell sorting | ארגון מחדש של תאים שכבר נבדלים בזהותם: תאי PrE בעלי Gata6/Gata4 נעים אל פני ה־ICM הפונים ל־Blastocoel, ותאי Epiblast נשארים פנימיים יותר. כך דגם Salt-and-pepper הופך לשתי שכבות מסודרות. | תהליך | 4 |
| Outgrowth culture | גידול בלסטוציסט על מצע מחוץ לגוף ומעקב אחר יציאת התאים והתפשטותם. ב־Wild type תאי Trophoblast מתפשטים סביב ה־ICM, ואילו ב־Cdx2 knockout מתקבלת בעיקר מסה דמוית ICM ללא Outgrowth תקין של Trophoblast. | שיטת מחקר | 4–6 |
| Keratin 8 (K8) | סמן אפיתליאלי המשמש לזיהוי תאי Trophectoderm. | שושלת חוץ־עוברית - TE/Trophoblast | 4 |
קומפקציה, פולריות ו־Hippo
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| Epithelial cell | תא השייך ליריעה רציפה שמפרידה בין שני מדורים. לתאים אפיתליאליים יש קוטביות אפיקלית–בזולטרלית, קשרי תא–תא וממברנה בזלית; בתאים החיצוניים של ה־TE, Tight junctions יוצרים את המחסום הדרוש לשמירת ה־Blastocoel. | מבנה תא / אפיתל | 5, 8–10 |
| Tight junction | מערכת קשרים בקצה האפיקלי של תאי אפיתל, הכוללת חלבונים כגון Claudins, Occludin ו־ZO. היא אוטמת את המרווח בין התאים ומונעת מעבר paracellular של מים ויונים; בבלסטוציסט היא קיימת בתאים החיצוניים וחיונית לשמירת החלל. | מבנה תא / אפיתל | 5, 10 |
| Paracellular transport | מעבר חומר במרווח שבין תאים סמוכים. Tight junctions ב־TE חוסמים מעבר כזה של מים ויונים, ולכן המים הנכנסים ל־Blastocoel עוברים דרך תאי ה־TE ולא ביניהם. | מבנה תא / אפיתל | 5 |
| Transcellular transport | מעבר חומר דרך התא עצמו, באמצעות תעלות או נשאים בממברנותיו. ב־Cavitation מים עוברים דרך תאי ה־TE בתגובה למפל האוסמוטי, משום שהמעבר בין התאים אטום. | מבנה תא / אפיתל | 5 |
| Adherens junction | קשר הידבקות המבוסס על Cadherins ומחובר לשלד ה־Actin. הוא מגדיל את ההיצמדות ואת שטח המגע בין הבלסטומרים בזמן Compaction, אך בניגוד ל־Tight junction אינו יוצר אטימה מוחלטת למעבר בין התאים. | מבנה תא / אפיתל | 1–2, 5–6, 10 |
| Cadherin | משפחת חלבוני הצמדה תלויי סידן היוצרים קשרים בין תאים. | מבנה תא / אפיתל | 1 |
| E-cadherin | Cadherin מרכזי ב־Adherens junctions של הבלסטומרים. החלבון קיים עוד לפני Compaction, אך בזמן התהליך הוא מתארגן בקשרים יציבים באזורי המגע; הפחתתו ב־siRNA פוגעת בהצמדות וביכולת צאצאי התא להשתלב במורולה הקומפקטית. | מבנה תא / אפיתל | 2, 5, 10 |
| α-catenin | חלבון המקשר את קומפלקס E-cadherin/β-catenin לשלד האקטין. | מבנה תא / אפיתל | 2 |
| Filopodium | שלוחה דקה עשירה ב־F-actin היוצאת מהבלסטומר. בזמן Compaction שלוחות כאלה נאחזות בתאים שכנים ומפעילות כוחות משיכה שמגדילים את שטח המגע בין התאים. | מבנה תא / אפיתל | 5 |
| siRNA | Small interfering RNA; RNA קצר המשמש את התא לזיהוי mRNA משלים ולהפחתת ביטויו. בניסוי שהוצג הוכנס siRNA נגד E-cadherin לאחד משני הבלסטומרים, וכך ניתן היה להשוות את צאצאיו לצאצאי הבלסטומר שלא טופל. | שיטת מחקר | 5 |
| Dicer | אנזים המעבד RNA דו־גדילי למקטעי siRNA קצרים. ה־siRNA מכוון קומפלקס השתקה אל mRNA משלים, וכתוצאה מכך ה־mRNA מפורק וביטוי החלבון יורד. | שיטת מחקר | 5 |
| Polarization | ארגון לא־אחיד של ממברנת התא ושל רכיביו ל־Apical domain ול־Basolateral domain. התהליך מתחיל סביב שלב שמונת התאים, יכול להתרחש גם ללא מגע עם תאים אחרים אך אז כיוונו אקראי, ומקיים קשר הדדי עם מיקום התא ועם מישור החלוקה. | תהליך | 5–6 |
| Apical domain | התחום בתא החיצוני הפונה אל ה־Zona pellucida ואינו נוגע בבלסטומר אחר. הוא מרכז את קומפלקס הקוטביות האפיקלי, מסייע לשמור Hippo במצב OFF ומשפיע על חלוקת רכיבים כגון Cdx2 mRNA. | פולריות תאית | 5 |
| Basal / basolateral domain | התחום שפונה לתאים שכנים ולפנים העובר. נמצאים בו קשרי הידבקות ורכיבים כגון $\ce{Na⁺/K⁺-ATPase}$; הובלת יונים למרווחים הפנימיים יוצרת את המפל האוסמוטי הדרוש ל־Cavitation. | פולריות תאית | 5 |
| Na⁺/K⁺-ATPase | משאבה טרנסממברנלית המשתמשת ב־ATP כדי להוציא מהתא שלושה יוני $\ce{Na⁺}$ ולהכניס שני יוני $\ce{K⁺}$. ב־Basolateral domain של תאי ה־TE היא מעלה את ריכוז היונים במרווחים הפנימיים ויוצרת מפל אוסמוטי שמושך מים אל חלל ה־Blastocoel. | מנגנון Cavitation | 5 |
| Osmosis - אוסמוזה | תנועת מים דרך ממברנה לעבר המדור שבו ריכוז המומסים האפקטיבי גבוה יותר. בבלסטוציסט שאיבת יונים אל פנים העובר מושכת מים דרך תאי ה־TE ויוצרת כיסי נוזל המתאחים ל־Blastocoel. | תהליך | 5 |
| Apical polarity complex | קומפלקס חלבונים הכולל בין היתר Par3, Par6 ו־aPKC ומרכז זהות אפיקלית בתאים החיצוניים. הוא מארגן את ה־Apical domain, מסייע להרחיק רכיבי Hippo מהאזור המפעיל שלהם ומשפיע על מיקום התא ועל חלוקת רכיבים בחלוקה א־סימטרית. | פולריות תאית | 5 |
| Par3 | רכיב בקומפלקס הקוטביות האפיקלי. הפחתתו בתא חיצוני מפחיתה קוטביות ומגדילה נטייה למיקום פנימי, ואילו יצירת קוטביות מלאכותית בתא פנימי יכולה להטות אותו החוצה. הוא קשור גם ללוקליזציה האפיקלית של Cdx2 mRNA. | פולריות תאית | 5 |
| Par6 | חלבון קוטביות אפיקלי הפועל עם Par3 ו־aPKC. | פולריות תאית | 5 |
| aPKC | קינאז בקומפלקס הקוטביות האפיקלי. | פולריות תאית | 5 |
| Ezrin | חלבון המקשר ממברנה לאקטין ומסמן את הדומיין האפיקלי. | פולריות תאית | 5 |
| Symmetric division | חלוקה שבה מישור החלוקה מחלק את התא החיצוני כך ששתי הבנות מקבלות תחום אפיקלי ונשארות בדרך כלל חיצוניות ומקוטבות. התוצאה מגדילה את אוכלוסיית התאים המועדת ל־TE. | תהליך | 5–6 |
| Asymmetric division | חלוקה של תא חיצוני שבה רק תא בת אחד מקבל את ה־Apical domain ונשאר חיצוני, ואילו תא הבת השני ממוקם פנימית ואינו מקבל קוטביות אפיקלית. החלוקה יכולה לחלק באופן לא־שווה גם Cdx2 mRNA וליצור בתא הפנימי חלון זמני של Cdx2 נמוך. | תהליך | 5–6, 11 |
| Cdx2 mRNA asymmetric localization | ריכוז לא־שווה של Cdx2 mRNA בקורטקס האפיקלי של תא חיצוני בשלב שמונת התאים. הלוקליזציה תלויה בקוטביות וב־Microtubules; בחלוקה א־סימטרית התא הפנימי מקבל מעט RNA ונוצר בו חלון המאפשר לכבות את תוכנית Cdx2. | תהליך | 5 |
| Inside–outside model | השערה שלפיה מיקום התא הוא המשתנה הראשוני: תא פנימי שנמצא במגע עם תאים מכל צד מאבד קוטביות ומפעיל Hippo, ואילו תא חיצוני החשוף כלפי חוץ שומר על קוטביות ו־Hippo נשאר בו OFF. ניסויי העברת תאים ושינוי קוטביות הראו שהקשר בפועל הדדי. | פולריות תאית | 5 |
| Polarization hypothesis | השערה שלפיה הקוטביות משפיעה על מיקום התא: תא בעל Apical domain נוטה להישאר בחוץ, ותא שאיבד את הקוטביות האפיקלית נוטה להיכנס פנימה. מניפולציות ב־Par3 תמכו בכיוון הזה. | מודל החלטת גורל | 5 |
| Reciprocal positional change | ניסוי שבו משנים את מיקום התא ובודקים כיצד הקוטביות שלו משתנה. תא חיצוני שהועבר פנימה איבד קוטביות, ותא פנימי שהועבר החוצה רכש קוטביות; יחד עם ניסויי Par3 התוצאה מראה שמיקום וקוטביות משפיעים זה על זה. | שיטת מחקר | 5 |
| Hippo signaling | מסלול הקושר בין מיקום, מגע וקוטביות לבין החלטת ICM–TE. בתאים פנימיים Hippo פעיל ומונע כניסת YAP/TAZ לגרעין; בתאים חיצוניים הקוטביות מדכאת את המסלול, YAP/TAZ נכנסים לגרעין ויחד עם TEAD מפעילים Cdx2. | מסלול Hippo | 5 |
| Hippo ON | מצב האופייני לתאים פנימיים: MST1 או MAP4K מפעילים את LATS1/2 בסיוע NF2 ו־WWC1/KIBRA. LATS מזרחן YAP/TAZ, 14-3-3 שומר אותם בציטופלזמה, ולכן TEAD אינו מפעיל את תוכנית Cdx2. | מסלול Hippo | 5 |
| Hippo OFF | מצב האופייני לתאים חיצוניים מקוטבים. רכיבי הקוטביות והארגון האפיקלי מונעים הפעלה יעילה של LATS; YAP/TAZ נשארים לא־מזורחנים, נכנסים לגרעין, נקשרים ל־TEAD ומקדמים Cdx2 וזהות TE. | מסלול Hippo | 5 |
| LATS1/2 | קינאזות מרכזיות ב־Hippo. כאשר הן פעילות בתא פנימי הן מזרחנות YAP/TAZ ומונעות את פעילותם הגרעינית; כאשר פעילותן נמוכה בתא חיצוני, YAP/TAZ יכולים להיכנס לגרעין ולהפעיל עם TEAD את Cdx2. | מסלול Hippo | 5 |
| YAP/TAZ | קו־אקטיבטורים שהלוקליזציה שלהם נקבעת על ידי Hippo. זרחון בידי LATS גורם לשמירתם בציטופלזמה; ללא זרחון הם נכנסים לגרעין, נקשרים ל־TEAD ומקדמים את תוכנית ה־Trophectoderm. | מסלול Hippo | 5 |
| TEAD1–4 | פקטורי שעתוק הנקשרים ל־YAP/TAZ בגרעין של תאים חיצוניים ומפעילים בין היתר Cdx2. ללא YAP/TAZ גרעיניים פעילותם אינה מספיקה להפעלת תוכנית ה־TE. | מסלול Hippo | 5–6 |
| 14-3-3 | חלבון הנקשר ל־YAP/TAZ לאחר זרחונם בידי LATS ומסייע לשמור אותם בציטופלזמה. בכך הוא מונע מהם לשתף פעולה עם TEAD בגרעין. | מסלול Hippo | 5 |
| MST1 | קינאז upstream במסלול Hippo שיכול לתרום להפעלת LATS1/2 בתאים פנימיים. בשיעור הודגש שגם MAP4K יכול להזין את LATS, ולכן אין להציג את MST1 כדרך היחידה להפעלת המסלול. | מסלול Hippo | 5 |
| MAP4K | משפחת קינאזות היכולה להפעיל LATS1/2 במקביל או כחלופה ל־MST במסלול Hippo. היא מדגימה שגם בתוך המסלול קיימת יתירות ברכיבי ההפעלה. | מסלול Hippo | 5 |
| NF2 / Merlin | חלבון ממברנלי שמחבר בין ארגון המגעים והקורטקס לבין הפעלת Hippo. יחד עם AMOT ו־WWC1/KIBRA הוא מסייע לגייס ולייצב את הרכיבים שמפעילים LATS בתאים פנימיים. | מסלול Hippo | 5 |
| AMOT / Motins | חלבוני Scaffold שמקשרים בין Junctions, F-actin ורכיבי Hippo. בתאים פנימיים הם מסייעים לקרב NF2 ו־LATS לאתרי ההפעלה; בתאים חיצוניים הקומפלקס האפיקלי משנה את מיקומם ותורם ל־Hippo OFF. | מסלול Hippo | 5 |
| F-actin | סיבי Actin קורטיקליים שמשתתפים ב־Filopodia, ב־Adherens junctions, בקוטביות ובארגון AMOT/Hippo. כך הם מקשרים בין הכוחות המכניים של Compaction לבין מסלולי קביעת הגורל. | ארכיטקטורת התא | 5–6, 10–11 |
| WWC1 / KIBRA | חלבון scaffold במסלול Hippo המסייע לארגן את קומפלקס ההפעלה של LATS יחד עם NF2 ורכיבים נוספים בתאים פנימיים. | מסלול Hippo | 5 |
| Zygotic genome activation (ZGA) | השלב שבו העובר מתחיל לשעתק באופן משמעותי מהגנום שלו במקום להסתמך בעיקר על RNA וחלבונים אימהיים. בעכבר הודגש מעבר מרכזי סביב שלב שני התאים, במקביל לפירוק הדרגתי של ה־RNA האימהי. | שושלת עוברית - Epiblast/ICM | 5–6 |
| FGF4 | ליגנד שמופרש בעיקר מתאים בעלי Nanog גבוה ובעלי נטייה ל־Epiblast. הוא פועל באופן Paracrine על תאים שכנים שמבטאים FGFR1/2, מפעיל ERK ומקדם בהם Gata6, ובהמשך Gata4 וזהות Primitive endoderm. | מסלול FGF / RTK | 5 |
| FGFR1 / FGFR2 | רצפטורי FGF שמאפשרים לתאי ICM להגיב ל־FGF4. בתאים בעלי נטייה ל־PrE הביטוי שלהם עולה יחד עם Gata6 וכך מתחזקת תגובת FGF–ERK; בתאים בעלי Nanog גבוה התוכנית הזאת מדוכאת. | מסלול FGF / RTK | 5 |
שבירת סימטריה ואפיגנטיקה מוקדמת
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| Deterministic development | התפתחות שבה גורלות תאים נקבעים במידה רבה מראש באמצעות חלוקה לא־שווה של רכיבים אימהיים בביצית. חלוקה א־סימטרית יוצרת תאים שונים כבר בשלבים הראשונים, ולכן הסרת תא מוקדם עלולה להסיר שושלת חיונית שאין תאים אחרים שיכולים להחליף. | תהליך | 6 |
| Regulative development | התפתחות שבה תאים מוקדמים שומרים גמישות ויכולים לשנות את תרומתם בהתאם למיקום ולשכנים. ביונקים ניתן להפריד, להסיר או לאגד מחדש בלסטומרים מוקדמים ועדיין לקבל ארגון עוברי, אף שהפוטנציאל וההסתברות להצלחה אינם זהים בכל תא ובכל שלב. | תהליך | 6 |
| Developmental potential | טווח הגורלות שתא מסוגל ליצור בתנאים מתאימים. פוטנציאל אינו זהה לגורל בפועל או למחויבות: שני תאים יכולים להיות גמישים אך בעלי הסתברויות שונות לתרום ל־ICM או ל־TE. | מושג כללי | 4–6 |
| Stochastic process | לפי ההבחנה שניתנה בשיעור, תהליך שבו החלופות שוות הסתברות ואין מנגנון שמטה אחת מהן: שתי אפשרויות צפויות להתפלג 50:50 וארבע אפשרויות 25% לכל אחת. המונח מתאר אקראיות, לא רק חוסר יכולת שלנו לחזות את התוצאה. | תהליך | 6 |
| Probabilistic development | תהליך שבו הגורל אינו קבוע מראש, אך מנגנון מוקדם יוצר הסתברות גבוהה יותר לתוצאה מסוימת. לכן קיימת הטיה סטטיסטית מההתפלגות השווה, בלי שכל תא או עובר חייבים לממש את התוצאה המועדפת. | תהליך | 6 |
| Probabilistic bias | סטייה עקבית ומובהקת מההסתברות השווה, המעידה על מנגנון שמטה את הסיכוי אך אינו קובע גורל מוחלט. למשל, סדר ומישור החלוקות בעובר בן ארבעה תאים או רמת LincGET יכולים להטות תרומה עתידית ל־ICM. | תהליך | 6–7 |
| Animal pole | הקוטב של האואוציט או הזיגוטה שבו נמצא ה־Polar body. הוא משמש נקודת ייחוס לציר Animal–Vegetal ולתיאור מישורי החלוקה הראשונים. | ציר / כיוון | 6 |
| Vegetal pole | הקוטב הנגדי ל־Animal pole, הרחוק מה־Polar body. הציר המחבר בין שני הקטבים קיים עוד לפני שניתן לראות צירי גוף מאוחרים יותר. | ציר / כיוון | 6 |
| Meridional division (M) | מישור חלוקה המקביל לציר Animal–Vegetal. החלוקה הראשונה תוארה כמתרחשת בדרך כלל במישור כזה, ובעובר בן שני תאים כל אחד מהבלסטומרים יכול להתחלק M או E. | ציר / כיוון | 6 |
| Equatorial division (E) | מישור חלוקה החוצה את הציר Animal–Vegetal בניצב או בקירוב בניצב. שילובו עם חלוקה Meridional בעובר בן שני תאים יוצר לעיתים סידור tetrahedral של ארבעת הבלסטומרים. | ציר / כיוון | 6 |
| MM embryo | עובר בן ארבעה תאים שבו שני הבלסטומרים של שלב שני התאים התחלקו במישור Meridional. זהו אחד מדפוסי החלוקה האפשריים; עצם קיומו אינו אומר שכל ארבעת התאים זהים בפוטנציאל. | ציר / כיוון | 6 |
| EE embryo | עובר בן ארבעה תאים שבו שני הבלסטומרים התחלקו במישור Equatorial. בשיעור דפוס זה נקשר לפוטנציאל התפתחותי נמוך יחסית לעומת דפוסים אחרים, אך לא לגורל קשיח של כל תא. | ציר / כיוון | 6 |
| ME/EM embryo | עובר בן ארבעה תאים שבו בלסטומר אחד התחלק Meridional והשני Equatorial. הסימון ME לעומת EM מציין גם איזה בלסטומר התחלק ראשון; הדפוס היה שכיח יותר מהצפוי באקראי ולכן שימש דוגמה להטיה Probabilistic. | ציר / כיוון | 6 |
| Tetrahedral 4-cell embryo | סידור תלת־ממדי שבו ארבעת הבלסטומרים אינם נמצאים במישור אחד אלא יוצרים מבנה דמוי טטרהדרון. הוא מתקבל לעיתים קרובות לאחר רצף חלוקות ME/EM. | ציר / כיוון | 6 |
| Asynchronous cleavage | מצב שבו הבלסטומרים אינם מתחלקים בדיוק באותו זמן. סדר החלוקה מאפשר להבחין בין ME ל־EM, ובשיעור הוא נקשר להטיה הסתברותית בתרומה העתידית של צאצאי הבלסטומרים. | Cleavage / קדם-השרשה | 6 |
| Monozygotic twins | תאומים המתפתחים מאותה זיגוטה לאחר פיצול של עובר מוקדם. היכולת של חלק מעובר מוקדם להתארגן מחדש מדגימה התפתחות רגולטיבית, אך הצלחת ההתפתחות תלויה בשלב הפיצול ובמספר מספיק של תאים שיוכלו ליצור Epiblast ורקמות חוץ־עובריות. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 6 |
| Dizygotic twins | תאומים הנוצרים משתי ביציות שהופרו בנפרד בשני תאי זרע, ולכן מקורם בשתי זיגוטות שונות. מבחינה גנטית הם דומים לאחים רגילים שנולדו באותו היריון. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 6 |
| ART | Assisted reproductive technology; שם כולל לטכנולוגיות המסייעות להתגבר על בעיית פוריות. IVF היא דוגמה אחת ל־ART, ולכן אין להשתמש בשני המונחים כמילים נרדפות. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 6–7 |
| Acetylation | הוספת קבוצות Acetyl לזנבות היסטונים. לפי ההסבר בשיעור היא מחלישה את האינטראקציה בין ההיסטונים ל־DNA, פותחת את הכרומטין ומקלה בדרך כלל על שעתוק; HAT מוסיף את הסימון ו־HDAC מסיר אותו. | אפיגנטיקה | 6 |
| Methylation | הוספת קבוצת מתיל ל־DNA או לחומצת אמינו בהיסטון. אין למתילציה משמעות אחידה של הפעלה או דיכוי: ההשפעה נקבעת לפי המולקולה, השייר והמיקום המדויק, למשל H3R26me הוצג כסימון המקדם תוכנית ICM. | אפיגנטיקה | 6 |
| Epigenetic code | הדפוס המשולב והמיקום של מודיפיקציות על DNA ועל היסטונים. Writer מוסיף את הסימונים, Eraser מסיר אותם ו־Reader מזהה אותם ומתרגם אותם לגיוס מנגנונים שמפעילים או מדכאים שעתוק. | אפיגנטיקה | 6 |
| Histone tail | הקצה הגמיש של חלבון היסטון שבולט מה־Nucleosome ונגיש למודיפיקציות כגון Acetylation ו־Methylation. סוג השייר ומיקומו קובעים כיצד הסימון יפורש ומה תהיה השפעתו. | אפיגנטיקה | 6 |
| Nucleosome | יחידת האריזה הבסיסית של כרומטין, שבה DNA כרוך סביב ליבת היסטונים. זנבות ההיסטונים בולטים החוצה ונגישים ל־Writer, Reader ו־Eraser. | אפיגנטיקה | 6 |
| Writer | אנזים שמוסיף סימון אפיגנטי מוגדר למטרה מוגדרת. לדוגמה, HAT מוסיף קבוצת Acetyl ו־CARM1 מוסיף קבוצת מתיל ל־Arginine 26 בהיסטון H3; פעילות האנזים חשובה לא פחות מכמות החלבון. | אפיגנטיקה | 6 |
| Reader | חלבון או קומפלקס שמזהה סימון אפיגנטי מסוים ומתרגם אותו לתגובה, כגון פתיחת כרומטין, סגירתו או גיוס מכונת השעתוק. ללא Reader הסימון הכימי אינו מסביר לבדו את התוצאה התפקודית. | אפיגנטיקה | 6 |
| Eraser | אנזים המסיר סימון אפיגנטי וכך מאפשר להפוך מצב כרומטין. לדוגמה, HDAC מסיר קבוצות Acetyl מזנבות היסטונים. | אפיגנטיקה | 6 |
| HAT / HDAC | HAT מוסיף קבוצות Acetyl לזנבות היסטונים ומקדם בדרך כלל כרומטין נגיש; HDAC מסיר אותן ומעודד אריזה צפופה יותר. הם מייצגים Writer ו־Eraser הפועלים בכיוונים מנוגדים. | אפיגנטיקה | 6 |
| H3R26me | מתילציה של Arginine 26 בהיסטון H3, שהוצגה בשיעור כסימון מפעיל בעובר המוקדם. רמה גבוהה יותר בבלסטומר מעלה ביטוי Sox2 ו־Nanog ומגדילה את הסיכוי שצאצאיו יתרמו ל־ICM. | אפיגנטיקה | 6 |
| CARM1 | Arginine methyltransferase המייצר H3R26me. בשלב שני התאים כמות CARM1 יכולה להיות דומה בין הבלסטומרים, אך פעילותו שונה משום שהיא תלויה בקישור ל־LincGET; לכן חשוב להבחין בין כמות אנזים לפעילותו. | אפיגנטיקה | 6 |
| Long non-coding RNA (lncRNA) | RNA ארוך שאינו מתורגם לחלבון אך יכול לקשור חלבונים ולווסת כרומטין או שעתוק. LincGET הוא דוגמה גרעינית מוקדמת המפעילה את CARM1. | אפיגנטיקה | 6 |
| LincGET | lncRNA גרעיני שמופיע לאחר ZGA, מתבטא באופן לא־שווה כבר בסוף שלב שני התאים ונעלם סביב שלב שמונת התאים. הוא נקשר ל־CARM1 ומגביר את פעילותו, מעלה H3R26me ו־Sox2/Nanog ומגדיל את הסיכוי שצאצאי הבלסטומר יתרמו ל־ICM. | אפיגנטיקה | 6 |
| C-value paradox | היעדר התאמה פשוטה בין גודל הגנום לבין מורכבות האורגניזם. | אפיגנטיקה | 6 |
| G-value paradox | היעדר התאמה פשוטה בין מספר הגנים המקודדים חלבון לבין מורכבות האורגניזם. | אפיגנטיקה | 6 |
| Sox2 | פקטור שעתוק ברשת הפלוריפוטנטיות של ICM/Epiblast. בשיעורים רמתו נקשרה ל־H3R26me ולפעילות CARM1–LincGET; יחד עם Oct4/Nanog הוא מחזק את תוכנית ה־ICM ומדכא את תוכנית Cdx2. | שושלת עוברית - Epiblast/ICM | 5–6, 11 |
| Tfap2c | פקטור שעתוק הקשור לתוכנית Trophectoderm. | שושלת חוץ־עוברית - TE/Trophoblast | 6 |
SCMC, רבייה מסייעת והשרשה
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| SCMC | Subcortical maternal complex; קומפלקס חלבונים אימהיים מתחת לקורטקס הביצית הדרוש לחלוקות עובריות מוקדמות. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| Maternal-effect gene | גן שבו הגנוטיפ של האם קובע את פנוטיפ העובר המוקדם באמצעות RNA או חלבונים אימהיים שהופקדו בביצית. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| FLOPED | רכיב אימהי ב־SCMC. בעוברים מאם Floped-null החלוקות הראשונות משתבשות וההתפתחות נעצרת בשלב מוקדם. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| MATER / NLRP5 | רכיב מרכזי ב־SCMC החיוני להתפתחות לפני השרשה. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| FILIA | רכיב SCMC המשתתף ביציבות כרומוזומלית ובהתפתחות מוקדמת. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| TLE6 | רכיב מבני ב־SCMC המסייע למקם את הקומפלקס מתחת לקורטקס ולארגן חלוקות עובריות מוקדמות. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| IVF | In vitro fertilization; הפריית ביצית מחוץ לגוף ולאחריה תרבית של העובר לפני החזרתו. זהו סוג אחד של ART, ולא שם כולל לכל טכנולוגיות לרבייה מסייעת. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 6–7 |
| ICSI | הזרקת תא זרע יחיד ישירות לציטופלזמת הביצית. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| PGD | השם הישן ל־Preimplantation genetic diagnosis; בדיקה של עוברים לפני החזרה לרחם כאשר מחפשים מחלה או וריאנט משפחתי מוגדר. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| PGS | השם הישן ל־Preimplantation genetic screening; סקר כרומוזומלי של עוברים, המכונה כיום בדרך כלל PGT-A. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| Cleavage-stage biopsy | דגימת בלסטומר מעובר בשלב cleavage לצורך בדיקה גנטית. | שיטת דגימה / אבחון | 7 |
| Trophectoderm biopsy | דגימת כמה תאי TE מבלסטוציסט לצורך בדיקה גנטית. | שיטת דגימה / אבחון | 7 |
| Polar-body biopsy | דגימת גופיף קוטבי לבדיקת התרומה הגנטית האימהית בלבד. | שיטת דגימה / אבחון | 7 |
| Endometrium | רירית הרחם שבה מתרחשת השרשה. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Luminal epithelium | שכבת האפיתל הפונה לחלל הרחם והיא הממשק הראשון עם הבלסטוציסט. | השרשה | 7 |
| Stromal cell | תא רקמת חיבור באנדומטריום; בהשפעת Progesterone הוא יכול לעבור Decidualization. | השרשה | 7 |
| Myometrium | שכבת השריר החלק העבה של דופן הרחם. | רבייה | 7 |
| Perimetrium | השכבה הסרוזית החיצונית של הרחם. | רבייה | 7 |
| Basalis | השכבה הבזלית של האנדומטריום הנשארת ומשקמת את הרירית לאחר הווסת. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Functionalis | השכבה התפקודית של האנדומטריום שמתעבה במהלך המחזור ונושרת בווסת אם לא התרחש היריון. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Uterine cycle | השינויים המחזוריים באנדומטריום: וסת, שלב פרוליפרטיבי ושלב סקרטורי. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Ovarian cycle | המחזור בשחלה הכולל התפתחות זקיקים, ביוץ ושלב לוטאלי. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| GnRH | הורמון היפותלמי המגרה את ההיפופיזה להפריש FSH ו־LH. | רבייה | 7 |
| FSH | הורמון המעודד גדילת זקיקים ותפקוד Granulosa cells. | רבייה | 7 |
| LH | הורמון שהעלייה החדה בו גורמת לביוץ ולהפיכת הזקיק ל־Corpus luteum. | רבייה | 7 |
| Ovulation | שחרור ה־Secondary oocyte מהזקיק בעקבות LH surge. | רבייה | 7 |
| Corpus luteum | מבנה זמני שנוצר מהזקיק לאחר הביוץ ומפריש בעיקר Progesterone. | רבייה | 7 |
| Primordial follicle | זקיק שחלתי מוקדם הכולל primary oocyte המוקף שכבת תאים שטוחים. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| Folliculogenesis | הבשלה הדרגתית של הזקיק מ־Primordial follicle דרך שלבים ראשוני, שניוני ואנטרלי עד זקיק בשל. | רבייה | 7 |
| Antral / mature follicle | זקיק מתקדם בעל חלל נוזלי גדול, שממנו משתחרר ה־Secondary oocyte בזמן הביוץ. | רבייה | 7 |
| Granulosa cell | תא זקיקי התומך באואוציט ומגיב להורמונים במהלך התפתחות הזקיק. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| Estrogen | הורמון המקדם את השלב הפרוליפרטיבי של האנדומטריום. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| Progesterone | הורמון המופרש בעיקר מהגופיף הצהוב ומקדם שלב סקרטורי ו־decidualization. | רבייה והתפתחות מוקדמת | 7 |
| Menstruation | נשירת שכבת ה־functionalis כאשר אין השרשה והריון. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Endometriosis | מצב שבו רקמה דמוית אנדומטריום מצויה מחוץ לחלל הרחם. | קליני / פתולוגי | 7 |
| Proliferative phase | שלב תלוי אסטרוגן שבו האנדומטריום נבנה מחדש ומתעבה. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Secretory phase | שלב תלוי פרוגסטרון שבו האנדומטריום נעשה סקרטורי ומוכן להשרשה. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Decidualization | שינוי תאי הסטרומה באנדומטריום לתאים דצידואליים גדולים וסקרטוריים התומכים בהשרשה ומווסתים את חדירת ה־trophoblast. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Window of implantation | פרק זמן מוגבל שבו האנדומטריום קולט בלסטוציסט באופן מיטבי. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Uterine receptivity | מצב זמני של האנדומטריום המאפשר Apposition, Adhesion ותגובה מתאימה לבלסטוציסט. | השרשה | 7 |
| Blastocyst competence | יכולת הבלסטוציסט להגיב לאותות הרחם, להיצמד ולהתחיל invasion בזמן המתאים. | השרשה | 7 |
| MUC1 | מוצין על פני ה־Luminal epithelium היוצר מחסום אנטי-היצמדות; ירידה מקומית בו מאפשרת גישה של הבלסטוציסט. | השרשה | 7 |
| Luminal closure | התקרבות דפנות חלל הרחם סביב הבלסטוציסט בעכבר, המסייעת למקמו ולהביאו במגע עם האפיתל. | השרשה | 7 |
| Apposition | מגע ראשוני ורופף בין הבלסטוציסט לאפיתל הרחם, שמאפשר את מיקומו לפני היצמדות יציבה. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Adhesion | היצמדות יציבה של הבלסטוציסט לאפיתל האנדומטריום לאחר שלב ה־Apposition. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Invasion | חדירת תאי Trophoblast דרך אפיתל האנדומטריום ולתוך רקמת הסטרומה. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| L-selectin | מולקולת היצמדות המשתתפת בשלבים מוקדמים של מגע הבלסטוציסט עם הרחם. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Cytotrophoblast | שכבת תאי trophoblast חד־גרעיניים ומתחלקים. | שושלת חוץ־עוברית - TE/Trophoblast | 7 |
| Syncytiotrophoblast | שכבה רב־גרעינית חודרנית הנוצרת מאיחוי Cytotrophoblasts ואינה מחולקת לגבולות תא ברורים. | שושלת חוץ־עוברית - TE/Trophoblast | 7 |
| Entosis | חדירת תא חי לתוך תא אחר; הוצגה בהקשר של שינויים בטרופובלסט ובהשרשה. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Pre-implantation | התקופה מההפריה, דרך Cleavage, Morula ו־Blastocyst, ועד תחילת היצמדות העובר לרירית הרחם. ניתן לעקוב אחר חלק גדול מהתקופה הזאת בתרבית מחוץ לגוף. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Post-implantation | התקופה שמתחילה לאחר היצמדות הבלסטוציסט וחדירתו לרירית הרחם. במהלכה העובר מתארגן למבנים כגון Egg cylinder, והשושלות העובריות והחוץ־עובריות ממשיכות להתמיין. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Peri-implantation | פרק המעבר סביב ההשרשה, המחבר בין ה־Blastocyst שלפני ההשרשה לבין הארגון מחדש של Epiblast, ExE ו־Visceral endoderm לאחריה. | רירית הרחם / השרשה | 7 |
| Extraembryonic ectoderm (ExE) | רקמה חוץ־עוברית שמקורה ב־Polar trophectoderm ונמצאת בצד הפרוקסימלי של ה־Egg cylinder, מעל ה־Epiblast. היא מקור לאותות כגון BMP4 המשתתפים בקביעת האזור הפוסטריורי ובהתחלת Primitive streak. | שושלת חוץ־עוברית - ExE/Chorion | 7–10 |
| Egg cylinder | הארגון האופייני לעובר העכבר לאחר ההשרשה: Epiblast בצורת כוס בחלק הדיסטלי, ExE בחלק הפרוקסימלי, ושניהם עטופים ב־Visceral endoderm. צירו הראשוני הוא Proximal–Distal ובהמשך DVE/AVE מגדירים בו Anterior–Posterior. | מבנה עוברי מוקדם | 7–10 |
| Visceral endoderm (VE) | שכבה חוץ־עוברית שמקורה ב־Primitive endoderm ועוטפת את ה־Epiblast ואת ה־ExE ב־Egg cylinder. תת־האוכלוסיות DVE ו־AVE נודדות ומגדירות את הצד הקדמי וכך מסייעות לקבוע את ציר Anterior–Posterior. | שושלת PrE → VE | 7–10 |
| Parietal endoderm | נגזרת Primitive endoderm שאינה נשארת סביב ה־Epiblast. תאיה נודדים לאורך הצד הפנימי של ה־Trophectoderm ומצפים מבנים חוץ־עובריים. | שושלת PrE → Parietal endoderm | 7–8 |
| Amniotic cavity | החלל שנוצר בתוך ה־Epiblast לאחר ההשרשה כחלק מארגון ה־Egg cylinder. הוא נפרד מה־Blastocoel של הבלסטוציסט. | קדם-גסטרולציה | 7–8 |
| Hypoblast | המקבילה האנושית הקרובה ל־Primitive endoderm; יוצרת אנדודרם חוץ־עוברי ולא את Definitive endoderm של גוף העובר. | שושלת PrE | 7–8 |
טרום גסטרולציה וגסטרולציה
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| DVE | Distal visceral endoderm; קבוצת תאים ב־VE שנוצרת בקצה הדיסטלי של ה־Egg cylinder ונודדת לצד אחד. לאחר הנדידה היא מוגדרת כ־AVE ומסמנת את הצד הקדמי העתידי. | שושלת PrE → VE | 8–9 |
| AVE | Anterior visceral endoderm; אוכלוסיית VE קדמית שמקורה ב־DVE לאחר נדידתו. היא מבטאת מעכבים כגון Cer1 ו־Lefty1, מפחיתה אותות posteriorizing בצד הקדמי וכך מגבילה את ה־Primitive streak לצד הנגדי, הפוסטריורי. | שושלת PrE → VE | 8–10 |
| Nodal activity gradient | דפוס מרחבי של פעילות Nodal ב־Egg cylinder. נדידת DVE ל־AVE והמעכבים הקדמיים מעצבים מחדש את הדפוס מציר Proximal–Distal לציר Anterior–Posterior, כך שהפעילות הגבוהה יותר נשמרת בצד הפוסטריורי. | מסלול Nodal | 8, 10 |
| Wnt3 gradient | דפוס שבו פעילות Wnt3 גבוהה יותר בצד הפוסטריורי של ה־Epiblast ומסייעת להתחיל את ה־Primitive streak. ביטוי אקטופי של Wnt3 יכול ליצור Primitive streak נוסף, ולכן מראה שבנסיבות המתאימות פעילות Wnt3 יכולה להספיק ליזום ציר נוסף. | גסטרולציה | 8–10 |
| Anterior | הצד הקדמי של העובר, המוגדר על ידי נדידת DVE והיווצרות AVE. מעכבי AVE מפחיתים בו Nodal/Wnt/BMP ומונעים בדרך כלל את התחלת ה־Primitive streak. | ציר / כיוון | 8–14 |
| Posterior | הצד הנגדי ל־AVE, שבו נשמרת פעילות גבוהה יותר של אותות כגון BMP4, Wnt3 ו־Nodal. בנקודה הפוסטריורית ביותר של ה־Epiblast מתחיל ה־Primitive streak. | ציר / כיוון | 8–14 |
| Simple epithelium | אפיתל הבנוי משכבת תאים אחת, שבה כל התאים נוגעים בממברנה הבזלית. Tight junctions סמוכים לצד האפיקלי יוצרים מחסום רציף בין שני מדורים. | מבנה תא / אפיתל | 8 |
| Stratified epithelium | אפיתל הבנוי מכמה שכבות תאים. בניגוד ל־Simple epithelium, לא כל התאים נוגעים בממברנה הבזלית, אך השכבה כולה עדיין יוצרת רקמה אפיתליאלית מאורגנת. | מבנה תא / אפיתל | 8 |
| Mesenchymal cell | תא שאינו חלק מיריעה אפיתליאלית רציפה, יוצר מגעים מקומיים עם ה־Extracellular matrix ויכול לנדוד. ב־Snail mutant התאים שמתחת ל־Primitive streak נשארו מסודרים בשורות, ביטאו E-cadherin ויצרו Junctions ו־Microvilli, ולכן שמרו על מאפיינים אפיתליאליים ולא רכשו זהות מזנכימלית תקינה. | מבנה תא / אפיתל | 8–10 |
| Focal adhesion (focal contact) | מוקד הצמדה מקומי בין תא מזנכימלי ל־Extracellular matrix, בניגוד לרצועות הרציפות של Tight junctions ו־Adherens junctions באפיתל. | מבנה תא / אפיתל | 10 |
| Microvilli | שלוחות קצרות בצד האפיקלי המגדילות שטח פנים. הופעתן יחד עם Tight junctions ו־Adherens junctions בתאי Snail mutant סייעה לזהות שהם בעלי מאפיינים אפיתליאליים. | מבנה תא / אפיתל | 10 |
| EMT | Epithelial-to-mesenchymal transition. לפי ההדמיה החיה שהוצגה, האירועים חופפים בזמן ואינם מתרחשים כרצף קשיח: פירוק ה־Basement membrane מתחיל מוקדם, Apical constriction ו־Extension מתרחשים בזמן שחלק מה־Adherens junctions עדיין קיימים, ובהמשך הקשרים עוברים Remodeling עד שהתא משלים Ingression ורוכש יכולת נדידה מזנכימלית. | תהליך | 8–12 |
| Adherens-junction remodeling | ארגון מחדש ופירוק הדרגתי של Adherens junctions במהלך EMT. E-cadherin והקשרים אינם נעלמים בהכרח לפני תחילת Apical constriction ו־Extension; חלקם נשמרים זמנית ומשתנים במהלך יציאת התא מהאפיתל. | תהליך | 9 |
| MET | Mesenchymal-to-epithelial transition; תהליך שבו תאים מזנכימליים נעשים שוב חלק מיריעה אפיתליאלית, יוצרים קשרי תא–תא ורוכשים קוטביות אפיקלית–בזולטרלית. תאי Definitive endoderm מבצעים MET, נכנסים בין תאי ה־Visceral endoderm ומחליפים אותם באזור העוברי. | תהליך | 8–11 |
| Reverse polarity | במהלך יצירת חלל האפיבלסט הצד האפיקלי פונה פנימה אל החלל החדש, בעוד הצד הבזאלי פונה החוצה אל ה־VE. | תהליך | 8 |
| Primitive streak (PS) | מבנה דינמי שמתחיל בנקודה הפוסטריורית ביותר של ה־Epiblast ומתארך לכיוון הקצה הדיסטלי. תאי Epiblast מגיעים אליו, עוברים EMT ו־Ingression ונודדים בין ה־Epiblast ל־Visceral endoderm. גורלם תלוי בזמן היציאה ובמיקום שממנו יצאו לאורך ה־streak. | גסטרולציה | 8–10 |
| Gastrulation | התהליך שבו תאי Epiblast יוצרים את Ectoderm, Mesoderm ו־Definitive endoderm וממקמים אותם ביחס לצירי הגוף. התהליך מתחיל ביצירת Primitive streak, אך תנועות התאים וההתמיינויות חופפות בזמן ואינן מתרחשות בכל העובר בבת אחת. | גסטרולציה | 4, 8–10 |
| Ingression | יציאה של תא יחיד מיריעת ה־Epiblast דרך ה־Primitive streak. התהליך כולל Extension לכיוון הבזלי, מעבר של גוף התא דרך היריעה ו־Rounding up בצד הבזלי; לאחר השלמת היציאה התא יכול להתחיל נדידה מזנכימלית. | גסטרולציה | 8–10 |
| Extension | שלב מוקדם ב־Ingression שבו גוף התא ורוב הציטופלזמה מתארכים לכיוון הבזלי, בעוד החלק האפיקלי עדיין מחובר לתאים השכנים. הדמיה חיה הראתה שהשלב יכול להתרחש כאשר E-cadherin וחלק מקשרי ההידבקות עדיין קיימים. | תהליך | 9 |
| Rounding up | השלב שבו התא משלים את יציאתו מהאפיתל ומקבל צורה מעוגלת בצד הבזלי. הוא מתרחש לאחר Extension ו־Remodeling של קשרי ההידבקות ולפני תחילת הנדידה המזנכימלית. | תהליך | 9 |
| Migration - נדידה | תנועה פעילה לאחר Ingression. ב־Snail loss of function נוצרה אוכלוסייה קטנה מתחת ל־streak אך היא כמעט לא התפזרה לטרלית, ולכן הניסוי הבחין בין עצם יציאת התא לבין רכישת תכונות מזנכימליות המאפשרות נדידה תקינה. | תהליך | 9 |
| Mesendoderm | אוכלוסיית תאי Epiblast שעוברים דרך ה־Primitive streak ויכולים ליצור Mesoderm או Definitive endoderm. הגורל נקבע לפי זמן היציאה, המיקום לאורך ה־streak והאותות שהתא מקבל. | Mesendoderm | 9 |
| Ectoderm | שכבת הנבט החיצונית; יוצרת בין היתר אפידרמיס ומערכת עצבים. | אקטודרם | 9–12 |
| Mesoderm | שכבת הנבט האמצעית; יוצרת שריר, שלד, דם, לב ורקמות חיבור רבות. | מזודרם | 8–13 |
| Definitive endoderm | שכבת נבט שמקורה בתאי Epiblast היוצאים בעיקר דרך ה־Anterior primitive streak. לאחר Ingression התאים עוברים MET, נכנסים בין תאי ה־Visceral endoderm ומחליפים אותם באזור העוברי. | אנדודרם | 9–12 |
| Intercalation | כניסה של תאים בין תאים קיימים בתוך יריעה. תאי Definitive endoderm שעברו MET נכנסים בין תאי ה־Visceral endoderm באזור העוברי ובהדרגה מחליפים אותם. | תהליך | 9 |
| Three germ layers | Ectoderm, Mesoderm ו־Definitive endoderm שנוצרים מה־Epiblast במהלך Gastrulation. ה־Ectoderm נשאר ביריעה העליונה, ואילו Mesoderm ו־Definitive endoderm נוצרים מתאים שעוברים דרך ה־Primitive streak. | שלוש שכבות הנבט | 9–10 |
| Extraembryonic mesoderm | אחת מאוכלוסיות המזודרם הראשונות היוצאות בתחילת Primitive streak מהאזור הפוסטריורי. תאיה נעים לטרלית ופרוקסימלית לעבר הרקמות החוץ־עובריות ותורמים בין היתר ל־Amnion, Chorion ו־Allantois. | מזודרם → חוץ־עוברי | 9–10 |
| Allantois | מבנה חוץ־עוברי מזודרמלי היוצא מהאזור הפוסטריורי ותורם לכלי הדם של חבל הטבור והשליה. | מזודרם חוץ־עוברי | 9–10 |
| Amnion | קרום חוץ־עוברי המורכב מרכיב אקטודרמלי שמקורו ב־Epiblast ומרכיב של Extraembryonic mesoderm, ומקיף את חלל מי השפיר. | מבנה משולב: Ectoderm + ExM | 6, 9 |
| Chorion | קרום חוץ־עוברי הכולל רקמות שמקורן ב־trophoblast וב־Extraembryonic mesoderm ותורם לחלק העוברי של השליה. | מבנה משולב: Trophoblast + ExM | 6, 9 |
| Axial mesoderm | מזודרם בקו האמצע היוצא דרך האזור הקדמי של ה־Primitive streak וכולל את Prechordal plate, Anterior head process ו־Node. תאי Prechordal plate ו־Anterior head process יוצרים את החלק הקדמי של ה־Notochordal plate, ותאים מה־Node מאריכים אותו פוסטריורית. ה־Notochordal plate נשאר אפיתליאלי ומשולב זמנית באפיתל האנדודרמלי; לאחר Apical constriction ו־Folding הוא נפרד מהאנדודרם ויוצר את ה־Notochord. זה אינו EMT או Ingression. | מזודרם → Axial | 9–11 |
| Prechordal plate | המרכיב הקדמי ביותר של ה־Axial mesoderm. תאיו יוצאים מוקדם דרך ה־Anterior primitive streak, נודדים לכיוון הראש ומשתתפים עם ה־Anterior head process ביצירת החלק הקדמי של ה־Notochordal plate. | מזודרם → Axial | 9–11 |
| Anterior head process (AHP) | מרכיב של ה־Axial mesoderm שנמצא מאחורי ה־Prechordal plate ונוצר לפני הופעת ה־Node. יחד עם ה־Prechordal plate הוא משתתף ביצירת החלק הקדמי של ה־Notochordal plate. | מזודרם → Axial | 9 |
| Paraxial mesoderm | מזודרם שממוקם משני צדי ה־Axial mesoderm. הוא נוצר מתאי Epiblast שיוצאים דרך ה־Primitive streak בזמן ובמיקום המתאימים, ובהמשך חלקו הפוסטריורי נשאר כ־Presomitic mesoderm וחלקו האנטריורי עובר סגמנטציה ל־Somites. | מזודרם → Paraxial | 9–12 |
| Lateral plate mesoderm (LPM) | מזודרם לטרלי שנוצר מתאי Epiblast שיוצאים דרך ה־Primitive streak ונודדים רחוק יותר מציר האמצע. בהמשך ה־LPM נחלק ל־Somatic/Parietal LPM ול־Splanchnic/Visceral LPM, וביניהם נפתח ה־Intraembryonic coelom. הוא תורם בין היתר ללב, לכלי דם ולדפנות חללי הגוף. | מזודרם → Lateral plate | 9–14 |
| Cardiac mesoderm | אוכלוסיית מזודרם קדמית שה־specification הראשוני שלה מתחיל ב־Early primitive streak. רמות גבוהות של Nodal, Wnt ו־BMP מאפשרות ל־Eomes להפעיל את Mesp1 ואת Mesp2 וכך מתחילה התוכנית הלבבית. החשיפה לאותות האלה צריכה להיות זמנית: Mesp1/2 מעודדים Lefty, והתאים נודדים אנטרו־לטרלית ומתרחקים ממקורות Nodal/Wnt/BMP. הירידה בפעילות האותות מאפשרת לתוכנית הלבבית להמשיך להתקדם. | מזודרם → Cardiac | 10–13 |
| Node | המרכיב האחרון של ה־Axial mesoderm, שנוצר בקצה הקדמי והדיסטלי של ה־Primitive streak. הוא Organizer של קו האמצע ומשתתף בקביעת ציר ימין–שמאל. בזמן נסיגת ה־streak מיקומו נע פוסטריורית ביחס לעובר, ותאים שיוצאים ממנו מאריכים את ה־Notochord. | מזודרם → Axial | 9–14 |
| Notochordal plate | יריעה צרה של תאי Axial mesoderm אפיתליאליים בקו האמצע. החלק הקדמי שלה נוצר מתאי Prechordal plate ו־Anterior head process, ותאים שיוצאים בהמשך מה־Node מאריכים אותה פוסטריורית. היא משולבת זמנית באפיתל האנדודרמלי; לאחר Apical constriction ו־Folding היא נפרדת מהאנדודרם ויוצרת את ה־Notochord. | מזודרם → Axial | 9–10 |
| Notochord | מוט של Axial mesoderm בקו האמצע שנוצר מה־Notochordal plate. הוא משרה באקטודרם שמעליו גורל Neural plate ומספק אותות דפוס. בהמשך Shh מה־Notochord ומה־Floor plate מכוון זהויות ונטרליות ב־Neural tube ומשרה Sclerotome בסומיט. | מזודרם → Axial | 9–11 |
| Convergent extension | תנועה שבה תאים מתכנסים לכיוון קו האמצע ונכנסים בין תאים שכנים. כתוצאה מכך הרקמה נעשית צרה יותר לאורך הציר המדיאלי–לטרלי ומתארכת לאורך הציר הקדמי–אחורי; במזודרם האקסיאלי התהליך תורם להארכת ה־Notochord. | תהליך | 9–10 |
| Brachyury / T | פקטור שעתוק וסמן של ה־Primitive streak ושל האזור הפוסטריורי. ב־RNA in situ תחום הביטוי נשאר בחלק הפוסטריורי בזמן שה־streak מתארך; מעבר להיותו סמן, Brachyury נדרש ליצירת מזודרם ולהארכת הציר. | מזודרם | 9 |
| OTX2 | פקטור שעתוק המסמן זהות קדמית ואזורי ראש. השוואת תחום הביטוי שלו ל־Brachyury מאפשרת לזהות את החלוקה בין אזורים קדמיים לבין Primitive streak והאזור הפוסטריורי. | זהות קדמית / ציר A–P | 9 |
| Axis duplication | יצירת Primitive streak וציר גוף נוספים. התופעה יכולה להתרחש כאשר אותות פוסטריוריים אינם מוגבלים לצד אחד, למשל ב־Cer1/Lefty1 double knockout או לאחר ביטוי אקטופי של Wnt3, ולכן היא מראה שגורם יכול ליזום מרכז ארגון נוסף. | תהליך | 9 |
| Snail | פקטור שעתוק מדכא ממשפחת Zinc-finger שמתבטא ב־Primitive streak המוקדם. הוא נקשר לאזור הבקרה של E-cadherin ומדכא את שעתוקו. ב־Snail loss of function מעט תאים יצאו מה־Epiblast, אך הם שמרו או רכשו מחדש E-cadherin, Tight/Adherens junctions ו־Microvilli ולא נדדו היטב. לכן Snail נדרש לשמירת המצב המזנכימלי ולהמשך EMT, אך אינו Master regulator יחיד של התהליך. | מזודרם | 9–10 |
| FGF8 | ב־Primitive streak, FGF8 מפעיל דרך FGFR1 תוכנית שתומכת ב־EMT ובנדידת תאי המזודרם, בין היתר באמצעות השראת Snail. הפנוטיפ של FGF8 mutant דומה אך אינו זהה לפנוטיפ של FGFR1 mutant, בהתאם ליתירות בין ליגנדים. ב־Tailbud ביטוי FGF8 יוצר את הגרדיאנט הפוסטריורי לאורך ה־PSM. | מסלול FGF / RTK | 10–12 |
| FGFR1 | רצפטור FGF שנדרש באופן Cell-autonomous ליציאת תאי Epiblast דרך ה־Primitive streak. בכימרות תאי FGFR1 mutant הגיעו ל־streak אך הצטברו בו ולא השלימו Ingression ונדידה תקינים; בהיעדר האות נפגע גם ביטוי Snail. | מסלול FGF / RTK | 10 |
| Mesoderm specification | קביעת סוג המזודרם תלויה בשני משתנים: מתי התא יוצא דרך ה־Primitive streak - Early, Mid או Late PS - ו־מאיזה מיקום לאורך ה־streak הוא יוצא - Posterior, Intermediate או Anterior. רק השילוב בין זמן היציאה למיקום היציאה מאפשר לחזות את גורל התא. | מזודרם | 10 |
| Early PS | השלב המוקדם בזמן התפתחות ה־Primitive streak, ולא אזור מסוים לאורכו. בתחילת שלב זה תאים יוצאים מהמפלס הפוסטריורי, נודדים לטרלית ופרוקסימלית ותורמים בין היתר ל־Extraembryonic mesoderm ול־PGCs. | גסטרולציה | 9–10 |
| Mid PS | שלב הביניים בזמן התפתחות ה־Primitive streak. תאים שיוצאים בשלב זה תורמים ל־Cardiac mesoderm, ל־Lateral plate mesoderm או ל־Paraxial mesoderm בהתאם למפלס שממנו יצאו לאורך ה־streak. | גסטרולציה | 9–10 |
| Late PS | השלב המאוחר בזמן התפתחות ה־Primitive streak. כדי להסיק את גורל התא צריך לציין גם את המפלס שממנו יצא לאורך ה־streak, משום ש־Late מתאר זמן ולא מיקום. | גסטרולציה | 9–10 |
| Posterior streak level | האזור הפוסטריורי של ה־Primitive streak בזמן נתון. המונח מתאר מיקום לאורך ה־streak, בעוד Early PS מתאר שלב בזמן; גורל התא נקבע לפי השילוב בין שני המשתנים. | גסטרולציה | 9–10 |
| Intermediate streak level | האזור האמצעי לאורך ה־Primitive streak. תאים שיוצאים ממנו יכולים לקבל גורלות שונים בהתאם לשלב ההתפתחותי ולאותות שהם מקבלים, ולכן המיקום לבדו אינו קובע גורל אחד. | גסטרולציה | 9–10 |
| Anterior primitive streak (APS) | הקצה הקדמי/דיסטלי של ה־Primitive streak. ממנו יוצאות אוכלוסיות של Definitive endoderm ושל Axial mesoderm, ובהמשך מתארגן בו ה־Node. | גסטרולציה | 9–10 |
| Primordial germ cells (PGCs) | תאי האב המוקדמים של קו הנבט, שנקבעים בתחילת Gastrulation לפני שהגונדות קיימות. הם נודדים במהלך ההתפתחות אל הגונדות; לאחר התיישבותם שם הם נקראים Germ cells, ומהם נוצרים בהמשך ה־Gametes. | שושלת תאי המין | 8–10 |
| Blimp1 / PRDM1 | פקטור שעתוק המסמן ומקדם את זהות ה־PGCs. | שושלת תאי המין | 10 |
| Eomes | פקטור שעתוק downstream ביחס ל־Nodal, שתוכנית המטרה שלו תלויה בהקשר האותות. הוא תורם להפחתת E-cadherin וליציאה מהאפיתל. בהקשר הלבבי הוא מפעיל Mesp1 ו־Mesp2; ב־Anterior primitive streak, כאשר Wnt ו־BMP נמוכים יותר, הוא מאפשר הפעלת Foxa2, Sox17 ו־Goosecoid ומקדם Definitive endoderm. | Mesendoderm | 10 |
| Mesp1 | פקטור שעתוק מוקדם של תוכנית המזודרם הלבבי. בהקשר האותות המתאים Eomes מפעיל את Mesp1 ואת Mesp2, והם מתחילים את קביעת הגורל הלבבי. | מזודרם → Cardiac | 10 |
| Foxa2 | פקטור שעתוק הקשור ל־Definitive endoderm, ל־Axial mesoderm ול־Node. בגסטרולציה הוא יכול להיות מופעל downstream ביחס ל־Eomes בהקשר ה־APS; בשיעור ימין–שמאל נעשה שימוש ברצף בקרה של FoxA2 לביטוי Transgene ב־Node ובקו האמצע. | גסטרולציה / סמן | 9–10, 14 |
| Sox17 | פקטור שעתוק של תוכנית Definitive endoderm, המופעל בהקשר המתאים downstream ביחס ל־Eomes יחד עם Foxa2 ו־Goosecoid. | אנדודרם | 6, 9–10 |
| Goosecoid (Gsc) | פקטור שעתוק שקשור לתוכנית קדמית ואקסיאלית. בשיעור הוא הוצג כאחד הגנים ש־Eomes מאפשר להפעיל ב־Anterior primitive streak בהקשר של Definitive endoderm. | מזודרם → Axial | 10 |
| Basement membrane | שכבת Extracellular matrix בצד הבזלי של האפיתל. הדמיה חיה הראתה שב־Primitive streak פירוקה מתחיל מוקדם, עוד לפני שכל מאפייני ה־EMT מופיעים בתא. הגבלת הפירוק לרצועה צרה מונעת מה־Primitive streak להתרחב לטרלית או להופיע באזור הקדמי. | מבנה תא / אפיתל | 9–10 |
| Laminin | חלבון מרכזי בממברנה הבזלית. | מבנה תא / אפיתל | 9–11 |
| Integrin | רצפטור הצמדה שמחבר את הצד הבזלי של התא ל־Basement membrane ולשלד התא. לפי המודל שנדון, מערך Integrin–Microtubules תומך בשלמות הממברנה הבזלית, ואובדן הפעילות הבזלית של RhoA תורם לניתוק הקשרים ולפירוק מקומי של הממברנה. | מבנה תא / אפיתל | 9–10 |
| Apical constriction | כיווץ ממוקד של הצד האפיקלי באמצעות Actomyosin, שגורם לתא לקבל צורת טריז ומקדם קיפול של יריעה אפיתליאלית. ב־EMT של ה־Primitive streak הוא מתרחש בזמן שחלק מהקשרים האפיתליאליים עדיין קיימים; ב־Neurulation אותו מנגנון יוצר את נקודות הכיפוף של ה־Neural plate. | תהליך | 9–11 |
| RhoA | GTPase שפעילה כשהיא קשורה ל־GTP ואינה פעילה כשהיא קשורה ל־GDP. בצד האפיקלי היא מפעילה Formin ו־ROCK–Myosin II ומקדמת כיווץ Actomyosin; בצד הבזלי היא תומכת במערך Microtubules ובקשר Integrin–Basement membrane. הוצג מודל שבו שינוי מרחבי בפעילות RhoA מתאם בין פירוק הממברנה הבזלית ל־Apical constriction, אך הודגש שהמודל חלקי. | מבנה תא / אפיתל | 10 |
| Formin | חלבון downstream ביחס ל־RhoA המקדם יצירת סיבי Actin. יחד עם ROCK–Myosin II הוא משתתף בארגון Actomyosin וב־Apical constriction. | מבנה תא / אפיתל | 10 |
| Actomyosin | רשת של Actin ו־Myosin II שמפתחת כוח מכני. ב־Primitive streak התכווצותה בצד האפיקלי יוצרת Apical constriction; ב־Neural plate מנגנון דומה יוצר Hinge points ומקפל את היריעה. | ארכיטקטורת התא | 10–11 |
| Myosin II | מנוע מולקולרי הפועל עם Actin ליצירת כיווץ. הוא מופעל downstream ביחס ל־RhoA–ROCK ותורם ל־Apical constriction ב־EMT וב־Neurulation. | ארכיטקטורת התא | 10 |
| ROCK | קינאז downstream ביחס ל־RhoA המפעיל את מנגנון Myosin II ותומך בכיווץ Actomyosin אפיקלי. | ארכיטקטורת התא | 10 |
| Microtubules | רכיב של שלד התא. במודל שהוצג ב־Primitive streak, Microtubules בצד הבזלי מסייעים לשמור את חיבורי Integrin לממברנה הבזלית; התפרקותם מלווה באובדן החיבור ובפירוק מקומי של ה־Basement membrane. | מבנה תא / אפיתל | 3, 10 |
| TSR | Thrombospondin type-1 repeat; דומיין חוץ־תאי המצוי בחלבוני ECM מסוימים ויכול לעבור O-fucosylation על ידי POFUT2. עיבוד תקין של חלבונים נושאי TSR נדרש לשמירת שלמות ה־Basement membrane סביב ה־Primitive streak. | מבנה תא / אפיתל | 10 |
| POFUT2 | אנזים שמבצע O-fucosylation בדומייני TSR. במוטנט של POFUT2 נפגעה שלמות ה־Basement membrane וה־Primitive streak התרחב לטרלית; מכאן שעיבוד חלבוני ECM נדרש להגבלת אזור ה־EMT. | מבנה תא / אפיתל | 10 |
| O-fucosylation | הוספת Fucose לשיירים בדומייני TSR באמצעות POFUT2. המודיפיקציה מסייעת להבשלה ולתפקוד של חלבוני ECM ששומרים על גבולות ה־Primitive streak. | שינוי לאחר תרגום | 10 |
| FLRT3 | חלבון טרנסממברנלי בעל LRR היוצר Homotypic adhesion. הוא מתבטא בעיקר באזור הקדמי וב־AVE, מסייע לשמור שם את ה־Basement membrane ומונע EMT קדמי. ב־FLRT3 mutant הממברנה הבזלית באזור הקדמי נפגעה ונוצר EMT אקטופי, אך לא Primitive streak מאורגן נוסף. | מבנה תא / אפיתל | 10 |
נוירולציה ונוירוגנזה
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| Neural plate | תחום מעובה של Neuroectoderm שנמצא מעל ה־Notochord. לטרלית לו נמצא ה־Neural plate border, ומעבר לו ה־Surface ectoderm. במהלך Neurulation ה־Neural plate עובר Folding ונוצר ממנו ה־Neural tube. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Neuroectoderm | אקטודרם שקיבל גורל עצבי. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Neuroepithelium | אפיתל עמודי ומקוטב שמרכיב את ה־Neural plate ואת ה־Neural tube. הצד האפיקלי פונה ללומן ומכיל Actin וקשרי תא–תא, והצד הבזלי פונה ל־Basement membrane עשירה ב־Laminin. בתחילה תאיו הם Neural progenitors ולא נוירונים בשלים. | אקטודרם → Neural | 11 |
| Neural progenitor | תא אב ב־Neuroepithelium, בעיקר ב־Ventricular zone, שמבטא Sox2 ומתחלק. חלוקה א־סימטרית יכולה ליצור תא אב שנשאר במאגר ותא בת שיוצא ממחזור התא ומתחיל להתמיין לנוירון. | אקטודרם → Neural | 11 |
| Neuroblast | תא עצב צעיר שמקורו ב־Neural progenitor. לאחר שהוא יוצא ממחזור התא הוא נודד מה־Ventricular zone ל־Mantle zone, ממשיך להתמיין ומאריך Axon. | אקטודרם → Neural | 11 |
| Postmitotic neuron | תא עצב שיצא ממחזור התא. הוא נודד מה־Ventricular zone ל־Mantle zone, מבשיל ומתחיל להאריך Axon. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Surface ectoderm | האקטודרם הלא־עצבי שנמצא לטרלית ל־Neural plate. לאחר איחוי ה־Neural folds שני צדי ה־Surface ectoderm מתאחים מעל ה־Neural tube ויוצרים את ה־Epidermis, אך לא את ה־Dermis. | אקטודרם → Surface ectoderm | 11 |
| Epidermis | השכבה האפיתליאלית החיצונית של העור שמקורה ב־Surface ectoderm. היא נבדלת מה־Dermis המזנכימלי, שחלקו נוצר מה־Dermatome של הסומיטים. | אקטודרם → Surface | 11 |
| Neural plate border | אזור הגבול בין ה־Neural plate ל־Surface ectoderm. במהלך הקיפול שני אזורי הגבול מתקרבים זה לזה; התאים הדורסליים באזור עוברים EMT ונעשים Neural crest cells. | אקטודרם → Neural plate border | 11 |
| Neural crest | אוכלוסיית תאים שמקורה בגבול הדורסלי של ה־Neural plate וה־Neural tube. התאים עוברים EMT ו־Ingression ונודדים לאזורים מרוחקים. בשיעורים הודגמה תרומתם למערכת העצבים ההיקפית, כולל Dorsal root ganglia, לשלד הגולגולת ולמרכיבים במחיצת הלב. | אקטודרם → Neural crest | 11 |
| Dorsal root ganglion (DRG) | גנגליון של מערכת העצבים ההיקפית שנוצר מתאי Neural crest שנדדו משני צדי Neural tube. | Neural crest → PNS | 11 |
| Neurulation | התהליך המורפוגנטי שבו ה־Neural plate עובר Folding, ה־Neural folds מתקרבים ומתאחים ונוצר Neural tube שנפרד מה־Surface ectoderm. התהליך כולל יצירת MHP ולעיתים DLHP באמצעות Apical constriction, איחוי הקפלים, יציאת Neural crest וסגירת ה־Surface ectoderm מעל הצינור. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Neural groove | השקע המדיאלי שנוצר כאשר ה־Neural plate מתכופף סביב ה־MHP וה־Neural folds מתרוממים משני צדדיו. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Neural folds | השוליים המורמים של ה־Neural plate. יצירת MHP ו־DLHP מקרבת אותם זה לזה; לאחר איחוים נוצר Neural tube סגור, וה־Surface ectoderm מתאחה מעליו. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Medial hinge point (MHP) | נקודת כיפוף מדיאלית מעל ה־Notochord שבה תאי Neuroepithelium עוברים Apical constriction. היא יוצרת את ה־Neural groove ומתחילה את קיפול ה־Neural plate. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Dorsolateral hinge points (DLHP) | נקודות כיפוף נוספות משני צדי ה־Neural plate. Apical constriction בהן מקטין את המרחק בין ה־Neural folds ומאפשר להם להתאחות, במיוחד באזורים שבהם MHP לבדו אינו מספיק. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Neural tube | צינור אפיתליאלי מקוטב שממנו מתפתחת מערכת העצבים המרכזית. הלומן שלו נוצר מהצד האפיקלי של ה־Neuroepithelium; לאחר הסגירה מוגדרים Roof plate דורסלי ו־Floor plate ונטרלי. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Spinal cord | החלק הקאודלי של מערכת העצבים המרכזית המתפתח מצינור העצבים. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Closure initiation site (closure point) | אתר מקומי שבו מתחיל איחוי ה־Neural folds, וממנו הסגירה מתקדמת לאורך הציר. בשיעור הודגש שבמינים שונים קיימים כמה אתרי התחלה; בעכבר הוצגו שלושה ובאדם הודגשו שניים עיקריים. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Neuropore | פתח זמני שנותר ב־Neural tube בין חזיתות הסגירה. ה־Anterior neuropore וה־Posterior neuropore נסגרים מאוחר יותר; כשל בסגירתם גורם לסוגים שונים של Neural tube defects. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Anterior neuropore | הפתח הקרניאלי הזמני של Neural tube. כשל בסגירת האזור הקדמי קשור ל־Anencephaly או לפגם רחב יותר, בהתאם להיקף הכשל. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Posterior neuropore | הפתח הקאודלי הזמני של Neural tube. כשל בסגירתו קשור ל־Spina bifida. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Neural tube defect (NTD) | קבוצה של מומים הנובעים מכשל בסגירת Neural tube. בשיעור הודגש שמדובר בתוצאה של שילוב גורמים גנטיים וסביבתיים, ובהם חסר בחומצה פולית, ושמיקום הכשל קובע את סוג הפנוטיפ. | קליני / פתולוגי | 11 |
| Anencephaly | Neural tube defect שנגרם מכשל בסגירה הקדמית של ה־Neural tube ומתבטא בחוסר התפתחות תקינה של חלקים נרחבים מהמוח ומהגולגולת. | קליני / פתולוגי | 11 |
| Spina bifida | Neural tube defect הקשור לכשל בסגירה הקאודלית/Posterior neuropore באזור עמוד השדרה. | קליני / פתולוגי | 11 |
| Craniorachischisis | פגם סגירה רחב שבו חלק גדול מצינור העצבים נשאר פתוח לאורך הציר, עקב כשל מוקדם ומתמשך של מנגנון האיחוי. | קליני / פתולוגי | 11 |
| Neurogenesis | התהליך שבו Neural progenitors ב־Ventricular zone מתחלקים, וחלק מצאצאיהם יוצאים ממחזור התא, עוברים ל־Mantle zone ומתמיינים לנוירונים. הוא נבדל מ־Neurulation, שהיא יצירת המבנה של ה־Neural tube. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Ventricular zone | השכבה האפיקלית שסמוכה ללומן של ה־Neural tube ובה נמצאים Neural progenitors שמבטאים Sox2. חלוקותיהם שומרות על מאגר תאי האב, וחלק מהצאצאים יוצאים ממחזור התא ומתחילים להתמיין. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Mantle zone | האזור הלטרלי יותר שאליו עוברים נוירונים Postmitotic לאחר שעזבו את ה־Ventricular zone. שם הם מבשילים ומאריכים Axons. | אקטודרם → Neuroectoderm | 11 |
| Roof plate | קו האמצע הדורסלי של Neural tube. הוא קשור למקורות BMP/Wnt הדורסליים המסייעים לקבוע זהויות עצביות דורסליות. | נוירואקטודרם → דורסלי | 11 |
| Floor plate | קו האמצע הוונטרלי של Neural tube. הוא מושרה על ידי Shh מה־Notochord ובהמשך מפריש Shh בעצמו, וכך מחזק את הגרדיאנט הוונטרלי. | נוירואקטודרם → ונטרלי | 11 |
| Motor neuron domain | תחום של Neural progenitors בצד הוונטרלי של ה־Neural tube, שנקבע לפי עוצמת Shh ומשך החשיפה אליו ביחס לאותות הדורסליים. תאים בתחום זה מתמיינים ל־Motor neurons. | נוירואקטודרם → ונטרלי | 11 |
| Holoprosencephaly | פגם בהפרדת מבני קו האמצע הקדמיים שנקשר בשיעור לירידה חמורה ב־Shh signaling; הדוגמה המחישה את תפקיד Shh בהפרדת שדות ובהגדרת קו האמצע. | קליני / פתולוגי | 11 |
סומיטוגנזה ושעון הסגמנטציה
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| Somitogenesis | יצירה מחזורית של Somites מהחלק האנטריורי של ה־PSM. התהליך משלב שעון גנטי אוסילטורי שמסונכרן בין תאים עם גרדיאנט FGF שקובע מתי הרקמה מוכנה לסגמנטציה; כל מחזור שעון יוצר גבול חדש באזור המוכן. | Paraxial mesoderm → Somite | 11–12 |
| Somite | יחידה אפיתליאלית סגמנטלית של Paraxial mesoderm, שמוקפת Basement membrane ומבטאת קשרי הידבקות כגון N-cadherin. בהמשך הסומיט מתארגן ל־Sclerotome ול־Dermomyotome, ומהם נוצרים מרכיבי השלד הצירי, שרירי שלד, Dermis וגידים. | Paraxial mesoderm → Somite | 11–12 |
| Somite count | מספר הסומיטים בעובר משמש מדד שלב התפתחותי מדויק יותר ממספר ימים, משום שניתן להשוות עוברים לפי התקדמות הסגמנטציה. | שיטת תיארוך עוברי | 11–13 |
| Presomitic mesoderm (PSM) | האזור של ה־Paraxial mesoderm שנמצא בין ה־Tailbud לסומיטים שכבר נוצרו, וממנו נוצרים הסומיטים החדשים. FGF שומר את התאים הפוסטריוריים במצב Undifferentiated; כאשר פעילות FGF יורדת בתאים האנטריוריים, הם נעשים כשירים להגיב לפולס השעון וליצור גבול סומיט. | מזודרם → Paraxial | 11–12 |
| Tailbud | אזור פוסטריורי המוסיף תאים לציר במהלך Axis elongation ומבטא FGF8. תעתיק FGF8 נוצר בעיקר שם; כשהתאים מתרחקים ממקור ה־RNA והחלבון מתפרקים ונוצר גרדיאנט לאורך ה־PSM. | מזודרם → Paraxial | 11–12 |
| Axis elongation | התארכות הציר לכיוון הפוסטריורי בעקבות הוספת תאים מה־Tailbud. התנועה מרחיקה תאים ממקור FGF8 ובכך מזיזה את אזור ההבשלה ואת אתר יצירת הסומיט הבא. | ציר / כיוון | 11–12 |
| S−1 | האזור ב־Anterior PSM שממנו ייווצר הסומיט הבא. כאשר פעילות FGF נמוכה ומגיע פולס Notch, TBX6 מאפשר להפעיל את Mesp2 באזור זה. | Paraxial mesoderm → Somite | 11–12 |
| S0 | הסומיט החדש ביותר, שנוצר זה עתה מהחלק האנטריורי של ה־PSM ומתחיל אפיתליזציה וארגון של גבולותיו. | Paraxial mesoderm → Somite | 11–12 |
| S1 | הסומיט הבוגר יותר הנמצא אנטריורית ל־S0; המספור היחסי מתקדם ככל שנוספים סומיטים חדשים מאחור. | Paraxial mesoderm → Somite | 11–12 |
| Mesp2 | פקטור שעתוק מרכזי ביצירת גבול הסומיט. הוא מופעל לזמן קצר ב־S−1 כאשר פעילות FGF נמוכה, TBX6 קיים ומגיע פולס Notch. לאחר מכן Mesp2 מפעיל את Ripply2, שמסלק את TBX6 ומגביל את ביטוי Mesp2 לרצועה צרה ומוגדרת. | Paraxial mesoderm → Somite | 10–12 |
| Sclerotome - סקלרוטום | האוכלוסייה הוונטרו־מדיאלית של הסומיט, שמושרת בעיקר על ידי Shh מה־Notochord ומה־Floor plate. תאיה עוברים EMT ונודדים סביב ה־Notochord וה־Neural tube ליצירת מרכיבי החוליות והצלעות; מה־Sclerotome נוצר גם ה־Syndetome. | Somite → Sclerotome | 11 |
| Dermomyotome | החלק הדורסלי האפיתליאלי של הסומיט, המושפע מ־BMP/Wnt דורסליים. ממנו נוצרים Dermatome ו־Myotome, ובשפתיו DML ו־VLL מצויות אוכלוסיות המוסיפות תאי שריר. | Somite → Dermomyotome | 11 |
| Dorsomedial lip (DML) | השפה הדורסו־מדיאלית של ה־Dermomyotome. תאים ממנה עוברים Apical delamination ותורמים בעיקר לשרירים האפקסיאליים של הגב. | Somite → Dermomyotome | 11 |
| Epaxial muscle progenitors | תאי שריר שמקורם בעיקר ב־DML ותורמים לשרירי הגב הדורסליים. | Somite → Myotome | 11 |
| Ventrolateral lip (VLL) | השפה הוונטרו־לטרלית של ה־Dermomyotome. היא מספקת תאי אב לשרירים ההיפקסיאליים של דופן הגוף והגפיים. | Somite → Dermomyotome | 11 |
| Hypaxial muscle progenitors | תאי שריר שמקורם בעיקר ב־VLL ותורמים לשרירי דופן הגוף והגפיים. | Somite → Myotome | 11 |
| Myotome - מיוטום | האוכלוסייה המיוגנית של הסומיט. תאים מה־DML ומה־VLL עוזבים את ה־Dermomyotome, נעשים Myoblasts ובהמשך מתאחים ויוצרים סיבי שריר רב־גרעיניים. | Somite → Myotome | 11 |
| Dermatome - דרמטום | אוכלוסייה שמקורה ב־Dermomyotome ותורמת ל־Dermis, בעיקר באזור הגב. | Somite → Dermatome | 11 |
| Syndetome | אוכלוסייה שמקורה ב־Sclerotome ויוצרת גידים שמחברים בין השרירים לשלד. | Somite → Syndetome | 11 |
| Myogenesis | יצירת שריר שלד מתאי Myotome. Myoblasts מתמיינים ומתאחים זה עם זה ויוצרים סיבי שריר רב־גרעיניים; חלק מתאי האב נשארים כ־Satellite cells ומשמשים מאגר להתחדשות השריר לאחר הלידה. | Somite → Myotome | 11 |
| Myoblast | תא קדם־שריר חד־גרעיני שמקורו ב־Myotome ויכול להתאחות עם Myoblasts נוספים ליצירת סיב שריר. | Somite → Myotome | 11 |
| Multinucleated muscle fiber | סיב שריר הנוצר מאיחוי Myoblasts רבים ולכן מכיל גרעינים מרובים באותה יחידה תאית. | Somite → Myotome | 11 |
| Satellite cell | תא אב שרירי שנשאר בצמוד לסיב השריר במצב שקט יחסית. לאחר נזק הוא יכול להיות מופעל, להתחלק ולתרום להתחדשות השריר. | Somite → Myotome | 11 |
| Apical delamination | יציאת תאים דרך הצד האפיקלי של שפות ה־Dermomyotome והצטרפותם ל־Myotome. בשיעור התהליך תואר כתנועה דמוית Reverse EMT: התא עוזב את האפיתל דרך הצד האפיקלי ומתחיל התמיינות מיוגנית. | Somite → Myotome | 11 |
| Resegmentation | ארגון מחדש שבו החצי הקאודלי של Sclerotome אחד מתחבר לחצי הרוסטרלי של הסקלרוטום הבא ליצירת חוליה. כך גבול החוליה מוזז ביחס לגבול הסומיט ומאפשר לשרירים ולעצבים לחצות בין חוליות. | Paraxial mesoderm → Somite | 11 |
| Rostral and caudal sclerotome halves | חלוקה פנימית של כל Sclerotome לחצי רוסטרלי ולחצי קאודלי. חוליה אחת נוצרת מחיבור החצי הקאודלי של סומיט אחד עם החצי הרוסטרלי של הסומיט הבא. | Paraxial mesoderm → Somite | 11 |
| Segmentation clock | מערכת תנודות גנטיות ב־PSM שקובעת את קצב יצירת גבולות הסומיטים. Hes7 הוא אוסילטור בכל תא, ו־Notch/Delta מסנכרנים את הפאזה בין תאים שכנים. פולס השעון מתורגם ליצירת גבול רק באזור שבו פעילות FGF ירדה והרקמה הבשילה. | שעון הסגמנטציה | 11–12 |
| Clock-and-gradient model | המודל המעודכן שנלמד: גנים אוסילטוריים מספקים את השעון, וגרדיאנט FGF קובע היכן תאי ה־PSM מפסיקים להישמר במצב Undifferentiated ונעשים כשירים לסגמנטציה. פולס השעון באזור הזה מפעיל Mesp2 ומתחיל יצירת גבול סומיט. | שעון הסגמנטציה | 11–12 |
| Clock-and-wavefront | השם ההיסטורי למודל השעון והחזית. דפוסי הביטוי שנלמדו הובילו לחידוד בשם Clock-and-gradient, משום שה־Wavefront אינו חזית שנעה באופן עצמאי אלא גבול שנוצר מירידת פעילות FGF לאורך ה־PSM. | שעון הסגמנטציה | 11–12 |
| Wavefront | הגבול התפקודי בין ה־PSM הפוסטריורי, שבו FGF גבוה והתאים נשמרים במצב Undifferentiated, לבין ה־PSM האנטריורי, שבו FGF נמוך והתאים כשירים ליצור Somite. מיקום הגבול משתנה עם Axis elongation ועם גרדיאנט FGF. | שעון הסגמנטציה | 11–12 |
| FGF8 gradient | גרדיאנט של FGF8 שרמתו גבוהה בצד הפוסטריורי ונמוכה בצד האנטריורי של ה־PSM. ה־mRNA אינו נע בין תאים: הוא משועתק ב־Tailbud, וכשהתאים מתרחקים ממקור התעתיק והחלבון מתפרקים. מעל הסף FGF שומר את התאים במצב Undifferentiated; מתחת לסף הם מבשילים ומחכים לפולס השעון. | מסלול FGF / RTK | 11–12 |
| RNA decay mechanism | מנגנון יצירת גרדיאנט שבו FGF8 mRNA מיוצר ב־Tailbud, ותאים הנעים אנטריורית מפסיקים לייצרו; התעתיק הקיים מתפרק בהדרגה ולכן מתקבל שיפוע מרחבי בלי שה־RNA ינוע בין תאים. | שעון הסגמנטציה | 11–12 |
| Hes7 | פקטור שעתוק מדכא ואוסילטורי. הוא מדכא את הפרומוטר של עצמו לאחר Delay, ולכן השעתוק, ה־mRNA והחלבון עולים ויורדים בפאזות שונות. גם Hes7 loss of function וגם ביטוי קבוע שאינו אוסילטורי גורמים לאובדן סגמנטציה תקינה ולחוליות מאוחות; מכאן שהמחזוריות, ולא רק נוכחות החלבון, חיונית לתפקידו. | שעון הסגמנטציה | 11–12 |
| Hes7 autorepression | לולאת משוב שלילי שבה חלבון Hes7 נקשר לבקרת הגן שלו ומדכא שעתוק חדש. דיליי ותחלופה מהירה של RNA וחלבון הופכים את המשוב לתנודה. | שעון הסגמנטציה | 12 |
| c-hairy1 | גן אוסילטורי בתרנגולת המקביל עקרונית ל־Hes7. דפוסי In situ שונים מייצגים פאזות שונות של אותו מחזור ולא תנועה פיזית של RNA לאורך הרקמה. | שעון הסגמנטציה | 12 |
| Her1 | גן שעון אוסילטורי בדג זברה ממשפחת Hairy/Hes. כמו Hes7, כל תא מבטא אותו במחזוריות, בעוד הבדלי פאזה בין תאים יוצרים דפוס דמוי גל. | שעון סגמנטציה | 12 |
| DAPT | מעכב γ-secretase המונע שחרור NICD וכך חוסם Notch signaling. טיפול בצד אחד של PSM מפוצל שיבש את הסנכרון ואת דפוסי האוסילציה, והדגים ש־Notch נחוץ לתיאום השעונים בין תאים. | שיטת מחקר / Notch | 12 |
| Notch-mediated synchronization | צימוד בין שעוני Hes7 של תאים שכנים באמצעות Delta–Notch. החסימה ב־DAPT שיבשה את הקוהרנטיות המרחבית אף שהאוסילטור הבסיסי מצוי בכל תא. | מסלול Notch | 12 |
| Lunatic Fringe (Lfng) | גן אוסילטורי downstream ביחס ל־Notch שמווסת את פעילות המסלול. NICD מקדם את שעתוקו, Hes7 מדכא אותו, ו־Lfng משנה את תגובת Notch לליגנדים; כך הוא משתתף בלולאת הסנכרון המחזורית. | מסלול Notch | 12 |
| Oscillating gene | גן שרמת השעתוק או ה־mRNA שלו עולה ויורדת במחזוריות בתוך כל תא. הדפוס המרחבי הדומה לגל נובע מכך שתאים שונים נמצאים בפאזות שונות, ולא מתנועה פיזית של ה־RNA מהזנב קדימה. | שעון הסגמנטציה | 11–12 |
| Oscillation phase | המיקום בתוך מחזור העלייה והירידה של ביטוי גן. שני תאים יכולים לבצע אותו מחזור Hes7 אך להראות רמות שונות באותה נקודת זמן משום שהם בפאזות שונות. | שעון הסגמנטציה | 12 |
| Transcriptional delay | השהיה בין תחילת השעתוק לבין הופעת חלבון Repressor פעיל שיכול להשפיע על הפרומוטר. בלולאת Hes7 ההשהיה חיונית ליצירת תנודות; משוב שלילי ללא השהיה מספקת היה מתייצב במקום ליצור אוסילציות. | שעון הסגמנטציה | 12 |
| Delay differential equation | משוואה שמתארת שינוי בזמן כאשר הקצב הנוכחי תלוי גם בערכים קודמים. במודל Hes7 היא כוללת בין היתר את $T_m$, $T_p$, קצבי היצירה והפירוק ואת $p_0$. | שעון הסגמנטציה | 12 |
| Intron-dependent delay | חלק מה־Tm הנובע משעתוק ושחבור אינטרונים. קיצור או הסרת אינטרונים ב־Hes7 קיצרו את הדיליי ושינו את תקופת השעון; הסרה נרחבת מדי ביטלה תנודות תקינות וגרמה לסומיטים מאוחים. | שעון סגמנטציה | 12 |
| p₀ | ריכוז חלבון Hes7 שבו מתקבל חצי מהעיכוב המרבי של השעתוק במודל. זהו פרמטר שמתאר את רגישות פונקציית הדיכוי, ולא את זמן מחצית החיים של החלבון. | שעון סגמנטציה | 12 |
| RNA/protein half-life | הזמן הדרוש לכמות ה־mRNA או החלבון לרדת למחצית מערכה ההתחלתי. מחציות חיים קצרות מאפשרות לרמות Hes7 לרדת בין מחזורים; ייצוב קל של החלבון יכול לשבש או לבטל את האוסילציה. | שעון הסגמנטציה | 12 |
| T_m | ההשהיה מתחילת השעתוק של Hes7, דרך השלמת התעתיק, Splicing ויציאה לציטופלזמה, ועד תחילת התרגום. משך ההשהיה תלוי במבנה הגן, ובפרט באינטרונים. | שעון הסגמנטציה | 12 |
| T_p | ההשהיה מתחילת התרגום ועד להופעת חלבון Hes7 בשל ופעיל שיכול להגיע לגרעין ולדכא שעתוק. | שעון הסגמנטציה | 12 |
| DLL3 | רכיב אטיפי של מערכת Notch הקשור לשעון הסגמנטציה. מוטציות בו נכללו בין הגורמים ל־Spondylocostal dysostosis, והדגישו שהסנכרון והדפוס של Notch חיוניים ליצירת חוליות נפרדות. | מסלול Notch | 12 |
| TBX6 | פקטור שעתוק המצוי ב־PSM ומאפשר לפולס Notch להפעיל Mesp2 ב־S−1. לאחר הפעלת Mesp2, Ripply2 מסלק את TBX6 וכך מונע המשך ביטוי רחב של Mesp2. | מזודרם → Paraxial | 12 |
| RIPPLY2 | Repressor שמופעל downstream ביחס ל־Mesp2 ומקדם את דיכויו או סילוקו של TBX6. לולאת Mesp2–Ripply2 מגבילה את ביטוי Mesp2 לרצועה צרה ומוגדרת ותורמת לקביעת גבול ברור בין סגמנטים. | Paraxial mesoderm → Somite | 12 |
| Spondylocostal dysostosis | קבוצת מחלות סגמנטציה גנטיות המתבטאות בחוליות ובצלעות מאוחות או בלתי מסודרות ובגזע קצר. בשיעור נקשרו אליה מוטציות ברכיבי השעון והגבול כגון DLL3, Hes7, Lfng, Mesp2, Ripply2 ו־TBX6. | קליני / פתולוגי | 12 |
קיפול העובר, צינור העיכול והלב
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| Ventral folding | קיפול העובר לכיוון הצד הוונטרלי כחלק מסגירת הגוף והפיכת יריעת האנדודרם לצינור. הוא נוצר משילוב הקיפולים הקדמי, האחורי והלטרליים ולא כתהליך נפרד לחלוטין. | תהליך | 12 |
| Anterior folding | קיפול אזור הראש שמקפל את האנדודרם הקדמי פנימה וכך יוצר את ה־Foregut. במקביל הוא מעביר את ה־Cardiac crescent ממיקום קרניאלי ל־Neural plate למיקום ונטרלי מתחת ל־Foregut ובאזור בית החזה העתידי. | קיפול העובר | 12 |
| Posterior folding | קיפול האזור הקאודלי שמקפל את האנדודרם האחורי פנימה וכך יוצר את ה־Hindgut. באזור הטבור נשאר חיבור זמני בין העובר לרקמות החוץ־עובריות. | קיפול העובר | 12 |
| Lateral folding | התקרבות שני צדי הגוף אל קו האמצע הוונטרלי. הקיפול סוגר את דופן הגוף ואת ה־Gut tube, מקרב את שני שדות הלב ומאפשר להם להתאחות לצינור לב יחיד. | קיפול העובר | 12 |
| Gut-tube formation | יצירת Gut tube מיריעת ה־Definitive endoderm באמצעות הקיפולים הקדמי, האחורי והלטרליים. ה־Somatopleure משתתפת בסגירת דופן הגוף, וה־Splanchnopleure עוטפת את צינור העיכול. | תהליך | 12 |
| Gut tube | צינור אפיתליאלי שמקורו ב־Definitive endoderm ונוצר כאשר קיפולי העובר סוגרים את יריעת האנדודרם מהצד הקדמי, האחורי והלטרלי. האנדודרם יוצר את האפיתל הפנימי, וה־Splanchnic mesoderm שסביבו יוצר רקמות תמיכה ושריר ומשתתף באינדוקציה של איברים. | אנדודרם | 12 |
| Cardiac crescent | שדה מזודרם לבבי קדמי בצורת קשת. בתחילה הוא נמצא קרניאלית לראש המתפתח; קיפול הראש והקיפול הלטרלי מעבירים אותו למיקום ונטרלי ומקרבים את שני צדדיו לקראת יצירת ה־Heart tube. | מזודרם → Cardiac | 12–13 |
| First heart field | האוכלוסייה המוקדמת יותר של Cardiac mesoderm היוצאת מה־Primitive streak ונודדת אנטרו־לטרלית. בזמן שתאי השדה השני עדיין יוצאים, תאי השדה הראשון כבר נמצאים קדמית ומרכיבים חלק מה־Cardiac crescent. | Cardiac mesoderm → First heart field | 12–13 |
| Second heart field | אוכלוסיית Cardiac mesoderm שיוצאת אחרי ה־First heart field ונודדת בעקבותיה לאזור הקדמי. שני השדות מצטרפים ל־Cardiac crescent לפני שקיפולי הגוף משנים את מיקומה ומאחים את שני צדדיה. | Cardiac mesoderm → Second heart field | 12–13 |
| Somatopleure | השילוב של Parietal LPM הסמוך ל־Surface ectoderm עם האקטודרם. יחד הם משתתפים ביצירת דופן הגוף, ובינם לבין Splanchnopleure נפתח ה־Intraembryonic coelom. | שילוב: Ectoderm + Parietal LPM | 12 |
| Parietal LPM | העלה הלטרלי של ה־LPM, הנקרא גם Somatic LPM, שנמצא בצמוד לאקטודרם ויוצר איתו את ה־Somatopleure. הוא תורם לדופן הגוף ולשכבות הפריאטליות של חללי הגוף. | מזודרם → Lateral plate | 12 |
| Splanchnopleure | היחידה המורכבת מ־Splanchnic/Visceral LPM ומה־Endoderm הצמוד אליו. היא יוצרת את דופן צינור העיכול, משתתפת באינדוקציה של איברי העיכול ותורמת ל־Dorsal mesentery. | שילוב: Endoderm + Visceral LPM | 12 |
| Visceral LPM | העלה המדיאלי של ה־LPM, הנקרא גם Splanchnic LPM, שנמצא בצמוד ל־Endoderm ויוצר איתו את ה־Splanchnopleure. הוא תורם לרקמות החיבור והשריר שסביב איברי העיכול. | מזודרם → Lateral plate | 12 |
| Intraembryonic coelom | החלל הנפתח בתוך LPM לאחר התפצלותו ל־Parietal ו־Visceral layers. הוא מפריד בין Somatopleure ל־Splanchnopleure ובהמשך מתארגן לחללי הגוף, ובהם החלל הפריקרדיאלי. | מזודרם → Lateral plate | 12 |
| Dorsal mesentery | קפל של Splanchnic mesoderm שמחבר את ה־Gut tube לדופן הגוף הדורסלית. הוא מקבע את הצינור ומאפשר מעבר של כלי דם, עצבים ורקמות תומכות. | מזודרם → Lateral plate | 12 |
| AIP | Anterior intestinal portal; הפתח הזמני בקצה ה־Foregut המתהווה. הוא מסמן את גבול האנדודרם שכבר התקפל פנימה במהלך Anterior folding, ועם התקדמות הקיפול מיקומו נע פוסטריורית. | אנדודרם | 12 |
| PIP | Posterior intestinal portal; הפתח הזמני בקצה ה־Hindgut המתהווה. סגירת צינור העיכול מתקדמת מה־PIP ומה־AIP ובמקביל מהצדדים. | אנדודרם | 12 |
| Foregut | החלק הקדמי של ה־Gut tube שנוצר בעקבות Anterior folding סביב ה־AIP. אותו קיפול מעביר גם את ה־Cardiac crescent ממיקום קרניאלי ל־Neural plate למיקום ונטרלי באזור בית החזה העתידי. | אנדודרם → Foregut | 12 |
| Midgut | החלק האמצעי של Gut tube שאינו נסגר מיד לכל אורכו ונשאר מחובר זמנית לרקמה החוץ־עוברית באזור הטבור. | אנדודרם → Midgut | 12 |
| Hindgut | החלק הקאודלי של Gut tube שנוצר בעקבות Posterior folding סביב ה־PIP. | אנדודרם → Hindgut | 12 |
| Ventral body-wall closure | איחוי Somatopleure וה־Surface ectoderm משני הצדדים בקו האמצע הוונטרלי. התהליך סוגר את חללי החזה והבטן סביב האיברים, לאחר ש־Gut tube כבר הוקף ב־Splanchnic mesoderm. | תהליך | 12 |
| Umbilical ring | האזור שבו סגירת דופן הגוף הוונטרלית נשארת זמנית פתוחה ומאפשרת מעבר של החיבורים בין העובר לרקמות החוץ־עובריות. | פתח בדופן הגוף | 12 |
| Hepatic endoderm | אזור ב־Endoderm שמקבל שילוב של אותות FGF מהאזור הלבבי ו־BMP מהמזנכימה הסמוכה, וכך מקבל גורל כבדי. הדוגמה ממחישה שגורל רקמה נקבע באמצעות אינטגרציה של אותות מרקמות שכנות. | אנדודרם → ניצן איבר | 12 |
| Pancreatic endoderm | שני אזורים ב־Endoderm, דורסלי וונטרלי, שמקבלים גורל לבלבי. כל אזור נחשף לסביבת אותות שונה, ולכן שני האזורים מגיעים לאותו גורל התפתחותי בהקשרים מולקולריים שונים. | אנדודרם → ניצן איבר | 12 |
| Heart tube | צינור לב ראשוני סימטרי בקו האמצע, הנוצר כאשר הקיפול הלטרלי מאחה את השדות הדו־צדדיים. מבפנים נמצא Endocardium, סביבו Cardiac jelly ומחוץ לו Myocardium; לאחר מכן הצינור עובר Rightward looping. | מזודרם → Cardiac | 13 |
| Endocardium | השכבה האנדותליאלית הפנימית שפונה לדם בתוך צינור הלב. היא אינה שריר לב ואינה נוצרת מתאי ה־Cardiac crescent המיוקרדיאליים; היא נוצרת מאיחוי שני צינורות אנדותליאליים ונפרדת מה־Myocardium באמצעות Cardiac jelly. | לב → Endocardium | 13 |
| Bilateral endocardial tubes | שני צינורות אנדותליאליים ראשוניים הנוצרים מתחת לשדות הלב. קיפול לטרלי מקרב ומאחה אותם ל־Endocardium של Heart tube יחיד. | לב → Endocardium | 13 |
| Myocardium | שכבת Cardiomyocytes שמקיפה את צינור הלב ומקורה בשדה המזודרם הלבבי. התאים מתמיינים מוקדם לתאי שריר מתכווצים ומייצרים את כוח הפעימה. | לב → Myocardium | 13 |
| Cardiomyocyte | תא שריר לב מתכווץ שמרכיב את ה־Myocardium. תאי ה־Cardiac crescent מתמיינים ל־Cardiomyocytes ומקיפים את ה־Endocardium ואת ה־Cardiac jelly בצינור הלב. | לב → Myocardium | 13 |
| Cardiac jelly | Extracellular matrix שמופרש בין ה־Endocardium ל־Myocardium. הוא מפריד בין השכבות, משמש תווך לאותות ומאפשר לצינור הלב לשנות צורה ולעבור Rightward looping. | לב → Cardiac jelly | 13 |
| Epicardium | השכבה החיצונית שעל פני הלב, שמכסה את ה־Myocardium בשלבים מאוחרים יותר. היא נבדלת מה־Parietal pericardium ומהחלל הפריקרדיאלי שביניהם. | לב → Epicardium | 13 |
| Pericardial cavity | החלק של ה־Intraembryonic coelom שמקיף את הלב המתפתח. הוא נמצא בין ה־Epicardium לבין השכבה הפריאטלית של ה־Pericardium. | חלל גוף | 13 |
| Parietal pericardium | השכבה הפריאטלית שמקיפה מבחוץ את החלל הפריקרדיאלי. היא נפרדת מה־Epicardium שעל פני הלב. | חלל גוף | 13 |
| Rightward looping | יצירת לולאה ימנית של צינור הלב הסימטרי, המכונה גם D-looping. הלולאה מארגנת את מיקום מדורי הלב ותורמת למיקומו בצד שמאל; כאשר ציר ימין–שמאל אינו נקבע כראוי, כיוון ה־Looping יכול להיות הפוך או אקראי. | מזודרם → Cardiac | 13 |
ציר ימין–שמאל, סיליות ו־Reaction–Diffusion
| מונח | משמעות | משפחה לוגית | שיעור |
|---|---|---|---|
| Laterality | ארגון ההבדלים ההתפתחותיים בין ימין לשמאל. התהליך מתחיל באסימטריה קטנה סביב ה־Node, מתרחב לביטוי Nodal ב־left LPM ומתורגם באמצעות Pitx2 לתוכניות אסימטריות באיברים. פגיעה בכל אחד מהשלבים יכולה ליצור Laterality defect. | ציר ימין–שמאל | 13–14 |
| Laterality defect | פגיעה בקביעת ציר ימין–שמאל שמתבטאת במיקום או בזהות לא תקינים של איברים, כגון Dextrocardia, Isomerism, Situs inversus או Heterotaxy. | קליני / פתולוגי | 13–14 |
| Early headfold stage | חלון הזמן שבו נקבע ציר ימין–שמאל. ביטוי Nodal סביב ה־Node עובר מדפוס סימטרי להטיה שמאלית, ובהמשך מופיע ביטוי ברור ב־left LPM. מניפולציות בזמן הזה יכולות לשנות את כיוון ה־Heart looping. | ציר ימין–שמאל | 13–14 |
| Pit cells | תאים במרכז ה־Node שנושאים סיליות 9+0 מוטיליות. סיבוב הסיליות מופעל באמצעות Axonemal dynein, ובהם Lrd/Dnah11, ויוצר Nodal flow לכיוון שמאל. | סיליה / מנגנון תנועה | 13–14 |
| Motile 9+0 cilium | סיליה בעלת מבנה 9+0 שב־Node מסוגלת לנוע בזכות מנועי Dynein. זו חריגה מההכללה הרגילה שסיליות 9+0 הן לא־מוטיליות. | סיליה / מנגנון תנועה | 13 |
| Crown cells | תאים בהיקף ה־Node שנושאים Primary cilia בעלות Axoneme במבנה 9+0 ואינן מוטיליות. קומפלקס PKD1L1/PKD2 בסיליות קולט את השפעת ה־Nodal flow ומפעיל אות $\ce{Ca²⁺}$ בצד שמאל. | סיליה / מנגנון תנועה | 13–14 |
| Nodal flow | זרימת נוזל שמאלה על פני ה־Node, הנוצרת מסיבוב הסיליות המוטיליות של Pit cells. ניסויי זרימה מלאכותית הראו שכיוון הזרם יכול לקבוע את כיוון תוכנית הלטרליות ו־Heart looping. | סיליות → יצירת זרימה | 13–14 |
| Artificial flow experiment | יצירת זרימה מלאכותית מעל ה־Node. זרימה שמאלה החזירה דפוס תקין, ואילו זרימה בכיוון ההפוך הטתה את ביטוי גני הלטרליות ואת Heart looping לכיוון ההפוך; לכן כיוון הזרימה הוא גורם סיבתי בקביעת ציר ימין–שמאל. | שיטת מחקר | 13 |
| Two-cilia model | מודל שבו שתי אוכלוסיות סיליה ממלאות תפקידים שונים ב־Node: הסיליות המוטיליות של Pit cells יוצרות זרימה שמאלה, והסיליות הלא־מוטיליות של Crown cells קולטות את השפעת הזרם באמצעות PKD1L1/PKD2 ומפעילות אות $\ce{Ca²⁺}$ בצד שמאל. | סיליה / מנגנון תנועה | 13–14 |
| Lrd / Dnah11 | Axonemal dynein שמאפיין את הסיליות המוטיליות של Pit cells. Lrd-GFP שימש לסימון סיליות בעלות יכולת תנועה; פגיעה ב־Lrd מבטלת את הזרימה המכוונת וגורמת לכיוון הלטרליות להיות אקראי. | סיליה / מנגנון תנועה | 13 |
| PKD2 / PC2 | רכיב בתעלת קטיונים ממשפחת Polycystin. הוא נמצא בסיליות של Pit cells ושל Crown cells, אך Rescue באמצעות NDE הראה שביטויו ב־Crown cells מספיק להחזיר ביטוי שמאלי של Nodal ברקע knockout. מוטציות שאינן מגיעות לסיליה אינן מבצעות Rescue, ולכן הלוקליזציה הסיליארית חיונית. | סיליה / מנגנון תנועה | 13–14 |
| PKD1L1 | חלבון ממשפחת Polycystin-like שיוצר קומפלקס עם PKD2 בסיליות של Crown cells. הקומפלקס מקשר בין חישת Nodal flow לבין הפעלת אות $\ce{Ca²⁺}$ והתוכנית השמאלית. | סיליה / מנגנון תנועה | 14 |
| Left-sided $\ce{Ca²⁺}$ signal | עלייה מוקדמת בריכוז $\ce{Ca²⁺}$ בצד שמאל של ה־Node, downstream ביחס ל־Nodal flow ושל PKD1L1/PKD2 בסיליות Crown cells. האות מופיע לפני הביטוי הרחב של Nodal ב־left LPM. | ציר ימין–שמאל | 13–14 |
| NVPs | Nodal vesicular parcels; השערה כימוסנסורית שלפיה הזרם מוביל שמאלה שלפוחיות או אותות מופרשים. היא הוצגה כאחת האפשרויות ולא כמנגנון מוכח סופית. | סיליה / מנגנון תנועה | 14 |
| Chemosensory hypothesis | השערה שלפיה Nodal flow מסיע חומר מסיס או NVPs לצד שמאל, ושם האות מפעיל את Crown cells. היא הוצגה כחלופה להשערת החישה המכנית או כמנגנון שעשוי לפעול לצידה. | סיליה / מנגנון תנועה | 14 |
| Mechanosensory hypothesis | השערה שלפיה הזרם מכופף את הסיליות הלא־מוטיליות של Crown cells ומפעיל את קומפלקס PKD1L1/PKD2, וכך מעלה את ריכוז $\ce{Ca²⁺}$ בצד שמאל. המודל הוצג כהשערה נבדקת ולא כמנגנון שהוכח באופן בלעדי. | סיליה / מנגנון תנועה | 14 |
| Ciliary deflection | כיפוף של סיליה לא־מוטילית בעקבות זרימת הנוזל. לפי ההשערה המכנית הכיפוף מתורגם להפעלת תעלה ולאות $\ce{Ca²⁺}$ בתא. | סיליה / חישה מכנית | 14 |
| Relay model | מודל שבו אות מה־Node מפעיל תא סמוך, והוא מעביר את האות הלאה מתא לתא עד ה־left LPM. בשיעור הושווה למודל של התפשטות ישירה של Nodal, והראיות שהוצגו תמכו יותר במודל הגרדיאנט הישיר. | סיליה / מנגנון תנועה | 14 |
| Nodal gradient model | המודל שנתמך בשיעור: Nodal שמופרש סביב ה־Node מתפשט ישירות לכיוון ה־left LPM. תאים בעלי כשירות מתאימה מגיבים לאות ומפעילים ביטוי חדש של Nodal; לכן יש להבחין בין התפשטות חלבון Nodal לבין היכולת של הרקמה לשעתק את הגן. | ציר ימין–שמאל | 14 |
| Lateral plate mesoderm response | הפעלת Nodal ב־left LPM בעקבות האות מה־Node. ב־Pkd2 mutant הביטוי סביב ה־Node נשמר, אך הביטוי של Nodal, Lefty2 ו־Pitx2 ב־LPM אובד; לכן PKD2 נדרש למעבר מהאסימטריה סביב ה־Node לתוכנית השמאלית הרחבה. | מזודרם → Lateral plate | 13–14 |
| Pitx2 | פקטור שעתוק downstream ביחס ל־Nodal ב־left LPM שמתרגם את האות השמאלי לתוכניות אסימטריות באיברים. היעדר Nodal שמאלי ב־Pkd2 mutant מלווה בהיעדר Pitx2, ו־Rescue של PKD2 מחזיר את שניהם. | ציר ימין–שמאל | 13–14 |
| Midline barrier | מערכת עיכוב בקו האמצע, בעיקר באמצעות Lefty1, שמונעת מהתוכנית השמאלית לעבור לצד ימין. היא פועלת לצד Lefty2 ב־LPM; פגיעה במחסום יכולה לאפשר ביטוי דו־צדדי וליצור Left isomerism. | ציר ימין–שמאל | 13–14 |
| Reaction–diffusion | מודל מתמטי שבו הטיה שמאלית קטנה מתפתחת לדפוס יציב. Nodal פועל כאקטיבטור מקומי שמחזק את ביטויו ומשרה Lefty, ואילו Lefty מתפזר מהר יותר ולטווח רחוק יותר ומגביל את Nodal. התוצאה תלויה בריכוזי ההתחלה, בקצבי הדיפוזיה ובכשירות הרקמה; המודל הוצג כהסבר אפשרי ולא כהוכחה מלאה לכל שלב. | Nodal/Lefty - ארגון מרחבי | 14 |
| SELI | Self-enhancement and lateral inhibition: Nodal מגביר את ביטויו המקומי ומשרה Lefty2, ואילו Lefty2 מתפזר ומגביל את התפשטות Nodal. בקו האמצע Nodal יכול להשרות מוקדם את Lefty1 וכך ליצור מחסום נוסף בפני מעבר האות לצד ימין. | Nodal - מעכב | 14 |
| Activator | במודל Nodal–Lefty, Nodal הוא אקטיבטור מקומי: הוא מגביר את ביטויו בתאים כשירים וגם משרה את המעכב Lefty. טווח הפעילות שלו קצר יותר מטווח הפעילות של המעכב. | מסלול Nodal | 14 |
| Inhibitor | במודל Nodal–Lefty, Lefty הוא מעכב שמתפזר מהר יותר או לטווח רחוק יותר מ־Nodal ומגביל את משך הפעילות ואת תחום ההפעלה. Lefty1 פועל בעיקר בקו האמצע ו־Lefty2 ב־left LPM. | Nodal - מעכב | 14 |
| Responsiveness to Nodal | היכולת של תא לקלוט Nodal ולהפעיל תגובה תוך־תאית. תגובה לאות אינה מבטיחה שהתא עצמו יכול לשעתק את Nodal; לכן יש להבחין בין קליטת האות לבין כשירות לביטוי הגן. | מסלול Nodal | 14 |
| Nodal expression competence | הכשירות של תא להפעיל את לוקוס Nodal לאחר שהאות מגיע אליו. במודל הגרדיאנט חלבון Nodal יכול להגיע לרקמות שונות, אך רק תאים בעלי רצפי בקרה ומצב מולקולרי מתאימים מפעילים ביטוי חדש של הגן. | מסלול Nodal | 14 |
| Situs solitus | סידור האיברים התקין מבחינת ימין–שמאל. | ציר ימין–שמאל תקין | 13 |
| Levocardia | מיקום תקין של חוד הלב בצד שמאל; המונח מתאר מיקום ולא בהכרח סידור תקין של כל האיברים. | ציר ימין–שמאל | 13 |
| Leftward looping (L-looping) | Looping של צינור הלב לכיוון שמאל, בניגוד ל־Rightward או D-looping התקין. הוא יכול להופיע כאשר Nodal signaling או קביעת ציר ימין–שמאל משתבשים. | ציר ימין–שמאל / לב | 13 |
| Situs inversus | היפוך מראה של מיקום איברים פנימיים. | קליני / פתולוגי | 13 |
| Heterotaxy | סידור לא אחיד או לא תקין של איברים לאורך ציר ימין–שמאל. | קליני / פתולוגי | 13 |
| Dextrocardia | מיקום הלב בצד ימין של בית החזה. | קליני / פתולוגי | 13–14 |
| Mesocardia | מיקום הלב בקו האמצע. | קליני / פתולוגי | 13–14 |
| Left isomerism | מצב שבו תוכנית שמאל מופעלת בשני הצדדים. ב־Lefty1 או Lefty2 mutants ביטוי Nodal/Pitx2 יכול להופיע גם מימין, והריאות והלב מקבלים מאפיינים דו־צדדיים שמאליים. | קליני / פתולוגי | 13 |
| Right isomerism | מצב שבו שני הצדדים מקבלים מאפיינים ימניים, למשל כאשר התוכנית השמאלית אינה מופעלת. Pkd2 loss of function הוצג כמצב היכול לגרום לאובדן Nodal שמאלי ולפנוטיפים מסוג זה. | קליני / פתולוגי | 13 |
| Primary ciliary dyskinesia (PCD) | מחלה גנטית של סיליות מוטיליות, לעיתים עקב פגיעה ב־Dynein arms. היא גורמת לפגיעה בפינוי המוקוציליארי, וב־Node מבטלת את הזרימה המכוונת; לכן כיוון הלטרליות נעשה אקראי ולא בהכרח הפוך. | קליני / פתולוגי | 13 |
| Kartagener syndrome | תת־קבוצה של Primary ciliary dyskinesia שבה פגיעה בסיליות מוטיליות גורמת למחלת דרכי נשימה ולעיתים Situs inversus. האקראיות נובעת מכך שבהיעדר Nodal flow אין הטיה עקבית שמאלה, ולכן כל עובר עשוי לבחור כיוון אחר. | קליני / פתולוגי | 13 |
| Cre-loxP | מערכת רקומבינציה שבה Cre מוחק את הרצף שבין אתרי loxP. שילוב Cre תחת promoter רקמתי או תלוי זמן מאפשר להסיר גן רק באזור ובשלב הרצויים ולבודד תפקיד מאוחר מתפקידים מוקדמים. | שיטת מחקר | 13 |
| Floxed allele | אלל שבו רצף חיוני מוקף בשני אתרי loxP. הוא מתפקד עד ש־Cre מתבטא בתא, ואז האזור שבין האתרים נמחק ונוצר Conditional knockout. | שיטת מחקר | 13 |
| IRES | Internal ribosome entry site; רצף שמאפשר לריבוזום להתחיל תרגום מאתר פנימי באותו mRNA. בקונסטרוקט PKD2–IRES–LacZ הוא אפשר לתרגם PKD2 ו־LacZ מאותו תעתיק ולדווח היכן ה־Transgene מתבטא. | שיטת מחקר | 14 |
| FoxA2 regulatory element | רצף בקרה ששימש לביטוי PKD2–IRES–LacZ ב־Node וב־Notochordal plate. Rescue ברקע Pkd2 knockout החזיר ביטוי שמאלי של Nodal ו־Pitx2 והראה שפעילות PKD2 באזור הזה מספיקה, אך הניסוי לא הבחין בין Pit cells ל־Crown cells. | שיטת מחקר | 14 |
| FoxA2–PKD2 rescue | ביטוי PKD2 תחת רצף בקרה של FoxA2 ברקע Pkd2 knockout החזיר ביטוי שמאלי של Nodal ו־Pitx2. הניסוי מיקם את הדרישה ל־PKD2 באזור ה־Node וה־Notochord, אך לא הבחין בין Pit cells ל־Crown cells. | שיטת מחקר | 14 |
| NDE | Node distal enhancer מהלוקוס של Nodal, שמכוון ביטוי בעיקר לאזור שסביב ה־Node ול־Crown cells. NDE–PKD2 rescue ברקע Pkd2 knockout החזיר ביטוי שמאלי של Nodal ותמך בכך ש־PKD2 נדרש ב־Crown cells. | שיטת מחקר | 14 |
| NDE–PKD2 rescue | ביטוי PKD2 בעיקר ב־Crown cells באמצעות NDE ברקע Pkd2 knockout החזיר את התוכנית השמאלית. התוצאה הראתה שדי בביטוי PKD2 באוכלוסייה הזאת כדי לבצע Rescue ותמכה בתפקיד החישה של PKD2 בסיליות Crown cells. | שיטת מחקר | 14 |
| Venus | חלבון פלואורסצנטי ממשפחת YFP שאוחה ל־PKD2 בלי לפגוע בתפקודו. האיחוי אפשר לבדוק אם PKD2 ממוקם ב־Primary cilium ובמקביל אם אותו חלבון מסוגל לבצע Rescue. | שיטת מחקר | 14 |
| Ciliary localization | הגעת חלבון ל־Primary cilium. השוואת PKD2–Venus תקין למוטציות E442G ו־D509V הראתה שנוכחות החלבון בתא אינה מספיקה; PKD2 חייב להגיע לסיליה כדי לבצע Rescue. | סיליה / מיקום חלבון | 14 |
| PKD2 E442G | מוטציית Missense שבה חלבון PKD2 נוצר אך אינו מגיע כראוי ל־Primary cilium. ה־Transgene לא ביצע Rescue, ולכן הניסוי הראה שלוקליזציה סיליארית של PKD2 נדרשת בנוסף לעצם יצירת החלבון. | סיליה / תעלת PKD2 | 14 |
| PKD2 D509V | מוטציית Missense שפוגעת גם בתפקוד התעלה וגם בהגעת PKD2 ל־Primary cilium. היא לא ביצעה Rescue; ההשוואה ל־E442G מחזקת את הדרישה ל־PKD2 סיליארי, אך D509V לבדה אינה מאפשרת להפריד בין שני הפגמים. | סיליה / תעלת PKD2 | 14 |