סיכום בביוכימיה: השפעת ריכוזי ציטראט על גליקוליזה, מנגנוני גלוקונאוגנזה והמעקפים שלה, הצורך האנרגטי הגבוה של יצירת גלוקוז, רגולציה של גליקוליזה וגלוקונאוגנזה ברמת אנזימים והורמונים, תפקידי PFK-1 ו-F-2,6-BP, בקרה של Hexokinase ו-Pyruvate Kinase, גורל הפירובאט בין גלוקונאוגנזה למעגל קרבס, יסודות מסלול הפנטוזות, יצירת NADPH, ומשמעות קלינית של מחסור ב-G6PD.
סיכום ביוכימיה: העברת סיגנלים בתא, מבוא למטבוליזם, תהליך הגליקוליזה המלא, אפקט ורבורג ו-PET-CT, מקורות גלוקוז, אי-סבילות ללקטוז וגלקטוזמיה, מטבוליזם של פרוקטוז ומנוז, מסלולים אירוביים ואנאירוביים, תסיסה לקטית, אפקט פסטר, גלוקונאוגנזה ומעקפיה. כולל אנזימים, ריאקציות, רגולציה והשלכות קליניות.
סיכום ופתרונות לשאלות בביוכימיה: מושגים בסיסיים בביואנרגטיקה, סוגי רצפטורים להעברת אותות (GPCR, RTK, תעלות יונים, רצפטורים גרעיניים), חלבוני G כמולקולריים מתגים, מסלול GPCR → Adenylyl Cyclase → PKA, מנגנוני הפסקת הסיגנל, רעלן הכולרה והשפעתו על מסלול ה-Gs, מסלול GPCR → PLC → PKC, מסלול הראייה ברודס עם Rhodopsin ו-Transducin, ומסלול אינסולין כ-RTK. מתאים לסטודנטים בביולוגיה, ביוכימיה ורפואה.
הצעות פתרון חלקיות למאגר תרגילים בביוכימיה: חומצות אמיניות, pI ומטענים, מבנה חלבון, כרומטוגרפיה, דיאליזה, SDS-PAGE, ג׳ל פילטרציה, רצפי פפטידים, חישובי Km ו-Vmax, עיכובים אנזימטיים ועוד. מתאים לסטודנטים לרפואה ולביולוגיה.
סיכום במטבוליזם והעברת אותות: מבוא למטבוליזם - קטבוליזם ואנבוליזם, רגולציה מטבולית, מערכות Signal Transduction כולל GPCR, מסלול האדרנלין, פוטורצפטורים בעין, Tyrosine Kinase ורצפטור האינסולין. כולל דוגמאות קליניות ומנגנוני כיבוי סיגנלים. מתאים לסטודנטים בביוכימיה, ביולוגיה ורפואה.
פתרונות לשאלות בביוכימיה: הפרדת חלבונים לפי נקודה איזואלקטרית ושיטות כרומטוגרפיה, השפעת ריכוז מלח על מסיסות (Salting In/Out), ג׳ל פילטרציה והפרדת מולקולות לפי גודל, דיאליזה והגבלותיה, ניתוח SDS-PAGE וזיהוי דימרים וקשרי S-S, חישוב מטענים על פפטידים לפי pH, כיוון נדידה באלקטרופורזה עם וללא SDS, וניתוח קינטי של מיכאליס-מנטן וזיהוי עיכוב ע״י סובסטרט. מתאים לסטודנטים בביולוגיה, ביוכימיה ורפואה.
סיכום תמציתי לקינטיקה של אנזימים: מיכאליס־מנטן, Lineweaver-Burk, מעכבים, חישובי KM ו-kcat, ניתוח ניסויים ופתרונות מלאים לשאלות אנזימולוגיה. אידיאלי לסטודנטים לביוכימיה ולרפואה.
סיכום באנזימולוגיה: גזירת משוואת מיכאליס-מנטן, משמעות KM ו-Vmax, מספר תחלופה kcat, גרף Lineweaver–Burk, איזוזימים וחשיבותם הפיזיולוגית, ועיכוב אנזימים – תחרותי, אל-תחרותי ובלתי הפיך. כולל דוגמאות קליניות (פניצילין, DIPF, ALDH, הקסוקינאז מול גלוקוקינאז) ותרגול חישובים.
סיכום בביוכימיה על קינטיקה אנזימטית: מבנה ותפקוד אנזימים, הורדת אנרגיית האקטיבציה, סוגי אתרים פעילים והתאמה מושרית. כולל הסבר על קו-פקטורים וקו-אנזימים, ששת סוגי האנזימים (EC 1–6), מצב המעבר, מנגנון מיכאליס-מנטן (Km, Vmax, Steady State), שיטות מדידה ודוגמאות כמו הקסוקינאז ופרוטאזות.
סיכום קישור ליגנדים בחלבונים: הגדרת D_d, עקומות קישור והבנת משוואת הקישור. ניתוח מבני ותפקודי של מיוגלובין והמוגלובין, כולל מצבי T ו-R, אפקט אלוסטרי וקואופרטיביות חיובית. הצגת מודלים מרכזיים (MWC ו-Sequential) והמשמעות הביולוגית של מעבר קונפורמטיבי בקשירת חמצן.
תרגול ביוכימיה על קביעת הרכב וכמות חומצות אמינו בחלבון.
סיכום ביוכימיה מעמיק: עקרונות אלקטרופורזה בג׳ל (SDS-PAGE) וחומרים מחזרים, ג׳ל דו-ממדי, שיטות צביעה ו-Western Blot, דיאליזה וכרומטוגרפיות (גודל, מטען, זיקה), וכן מבנה ותפקוד נשאי החמצן המוגלובין ומיוגלובין. כולל עקרונות pI, salting out, ו-Heme.
סיכום על מבנה חלבונים: מבנים שניוניים (אלפא-הליקס, בטא-שיט, בטא-טרן), דומיינים ומבנים שלישוניים ורביעוניים, חלבונים חסרי מבנה, דנטורציה ורינטורציה, ניסוי אנפינסן והפרדוקס של לבנטל, מנגנוני קיפול וטעויות קיפול, אגרגציה ומחלות נוירודגנרטיביות כגון אלצהיימר, פרקינסון ויעקב-קרויצפלד.
תרגול ביוכימיה מפורט בנושא חומצות אמינו: חישוב pI של פפטיד Glu-His-Trp-Cys-Gly-Leu-Arg-Pro-Gly, זיהוי קבוצות מתאינות, עקרונות טיטרציה וחישוב מטען לפי pH, הסבר על zwitterion, חישוב pI לפי שני pKa רלוונטיים, ניתוח עקומות טיטרציה והקשר למשוואת הנדרסון-הסלבאך.
סיכום ביוכימיה מפורט: זיהוי והרכב חומצות אמינו, תגובות סנגר ואדמן לריצוף חלבונים, פירוק קשרי SS, פעילות פרוטאזות (טריפסין, כימוטריפסין, פפסין), הבדלים בין חלבונים תוך-תאיים וחוץ-תאיים, ומבנים שניוניים – אלפא הליקס, בטא שיט, דיפול ומייצבים מבניים.
סיכום ביוכימיה על מבנה חומצות אמינו, קשר פפטידי ורזוננס, זוויות קונפורמציה φ ו־ψ, גרף Ramachandran, קשרי דיסולפיד, ומושגי שמירה אבולוציונית ו־sequence alignment.
תרגול בגנטיקה וביוכימיה על חומצות אמינו: חישוב מטען נטו של גליצין לאורך טווח pH, חישוב ערכי pI לאלנין, ליזין וגלוטמט, וניתוח מסיסות במים לפי pKa.
מים — הממס הביולוגי האולטימטיבי; חוצציםסיכום על חומצות אמינו: תכונות חומצה־בסיס, pKa ו־pI, סיווג כימי, צוויטריון, קשרים דיסולפידיים ומודיפיקציות פוסט־טרנסלציוניות.
סקירה ביוכימית על מים, קשרי מימן, הידרופוביות, מיצלות וחומצות שומן אמפיפטיות, כולל מבנה מים, אינטראקציות מולקולריות ומבוא לחומצות אמינו.