סיכום שיעור בביוכימיה: LDL/HDL וכילומיקרונים, LDLR ואנדוציטוזה, בקרה על HMG-CoA (אינסולין/גלוקגון), טרשת עורקים, כבד וקטונים.
שאלות תרגול לביוכימיה עם פתרונות: קינטיקה ועיכוב אנזימים, רגולציה, גלוקונאוגנזה, גליקוגן, ETC, ATP Synthase וליפידים.
סיכום מטבוליזם שומנים: בקרה על סינתזת חומצות שומן (ACC/AMPK), הארכה ודה־סטורציה, חומצות שומן חיוניות, COX/NSAIDs, TAG, פוספוליפידים, כולסטרול וליפופרוטאינים.
סיכום סינתזת חומצות שומן: אנאבוליזם מול קטבוליזם, NADPH, יצירת Malonyl-CoA על ידי ACC, Fatty Acid Synthase, פלמיטאט, ומנגנון ה-Citrate Shuttle.
קומפלקס IV ו-Respirasomes, הזנת ETC דרך β-oxidation/ETF, G3P ו-DHODH, Malate-Aspartate ו-G3P shuttles, ROS והגנה, צימוד/מפרי צימוד, ומנגנון ATP Synthase (F₀/F₁).
מעגל האוריאה, הקשר בין מעגל קרבס למעגל האוריאה, בקרה על מעגל האוריאה, פירוק חומצות אמינו, נשימה תאית, התיאוריה הכימואוסמוטית, מבנה המיטוכונדריה, נשאי אלקטרונים בשרשרת הובלת האלקטרונים, פוטנציאל חיזור, ארבעת הקומפלקסים של שרשרת הובלת האלקטרונים, Complex I, Complex II, מעגל Q, Complex III, Complex IV
רגולציה של חמצון חומצות שומן: אינסולין/גלוקגון, ACC→Malonyl-CoA שמעכב CPT-I, חמצון בפרוקסיזומים, גופי קטו, פירוק חומצות אמינו, טרנסאמינציה ומעגל האוריאה.
סיכום בביוכימיה על עיכול, ספיגה ופירוק של חומצות שומן: מלחי מרה, ליפאזות, כילומיקרונים, גיוס טריגליצרידים, שאטל קרניטין וחמצון בטא במיטוכונדריה.
סיכום בביוכימיה - מטבוליזם: ויסות גליקוגן ע״י אינסולין וגלוקגון, קומפלקס PDH וקופקטורים, מעגל קרבס – שלבים, בקרה, מעכבים, ותפוקת ATP מלאה.
סיכום על פירובט דהידרוגנאז - מבנה, קו-פקטורים, מנגנון פעולה מפורט, ושלבי מעגל קרבס עם דגש על תוצרים ורגולציה מטבולית.
סקירה של מטבוליזם גליקוגן: מבנה, פירוק, סינתזה ורגולציה בכבד ובשריר, עם דגשים חשובים למבחן והבנה פיזיולוגית.
סקירה של תרמודינמיקת ריאקציות בגליקוליזה: משמעות ΔG ו-ΔG°', צימוד ריאקציות, שלבי הגליקוליזה ותוצרי האנרגיה, רגולציה עמוקה של Hexokinase, PFK-1 ו-Pyruvate Kinase, תפקיד F-2,6-BP, בקרה הורמונלית של אינסולין וגלוקגון, גלוקונאוגנזה ומעקפיה, עלות אנרגטית ועיכובים, מסלול הפנטוזות ותפקידי NADPH, מחסור ב-G6PD ופאביזם, והקשרים מטבוליים מרכזיים המשפיעים על מאזן גלוקוז בתא.
רגולציית גליקוליזה וגלוקונאוגנזה - השפעת ציטראט, בקרה הורמונלית ואנזימתית, PFK-1 ו-F-2,6-BP, גורל הפירובט, מסלול הפנטוזות, יצירת NADPH ומשמעות קלינית של חסר G6PD
סיכום ביוכימיה: העברת סיגנלים בתא, מבוא למטבוליזם, תהליך הגליקוליזה המלא, אפקט ורבורג ו-PET-CT, מקורות גלוקוז, אי-סבילות ללקטוז וגלקטוזמיה, מטבוליזם של פרוקטוז ומנוז, מסלולים אירוביים ואנאירוביים, תסיסה לקטית, אפקט פסטר, גלוקונאוגנזה ומעקפיה. כולל אנזימים, ריאקציות, רגולציה והשלכות קליניות.
סיכום ופתרונות בביוכימיה: ביואנרגטיקה והעברת אותות—רצפטורים GPCR, RTK, תעלות יונים, רצפטורים גרעיניים, חלבוני G, מסלולי AC→PKA ו-PLC→PKC, הפסקת סיגנל, רעלן הכולרה, ראייה (Rhodopsin/Transducin) ואינסולין.
הצעות פתרון חלקיות למאגר תרגילים בביוכימיה: חומצות אמיניות, pI ומטענים, מבנה חלבון, כרומטוגרפיה, דיאליזה, SDS-PAGE, ג׳ל פילטרציה, רצפי פפטידים, חישובי Km ו-Vmax, עיכובים אנזימטיים ועוד. מתאים לסטודנטים לרפואה ולביולוגיה.
סיכום במטבוליזם והעברת אותות: מבוא למטבוליזם - קטבוליזם ואנאבוליזם, רגולציה מטבולית, מערכות Signal Transduction כולל GPCR, מסלול האדרנלין, פוטורצפטורים בעין, Tyrosine Kinase ורצפטור האינסולין. כולל דוגמאות קליניות ומנגנוני כיבוי סיגנלים. מתאים לסטודנטים בביוכימיה, ביולוגיה ורפואה.
פתרונות בביוכימיה: pI וכרומטוגרפיה, Salting in/out, ג׳ל פילטרציה ודיאליזה, SDS-PAGE וקשרי S-S, חישוב מטען פפטידים לפי pH, אלקטרופורזה עם/בלי SDS, וקינטיקת מיכאליס-מנטן כולל עיכוב ע״י סובסטרט.
סיכום תמציתי לקינטיקה של אנזימים: מיכאליס־מנטן, Lineweaver-Burk, מעכבים, חישובי KM ו-kcat, ניתוח ניסויים ופתרונות מלאים לשאלות אנזימולוגיה. אידיאלי לסטודנטים לביוכימיה ולרפואה.
סיכום באנזימולוגיה: גזירת משוואת מיכאליס-מנטן, משמעות KM ו-Vmax, מספר תחלופה kcat, גרף Lineweaver–Burk, איזוזימים וחשיבותם הפיזיולוגית, ועיכוב אנזימים – תחרותי, אל-תחרותי ובלתי הפיך. כולל דוגמאות קליניות (פניצילין, DIPF, ALDH, הקסוקינאז מול גלוקוקינאז) ותרגול חישובים.
סיכום בביוכימיה על קינטיקה אנזימטית: מבנה ותפקוד אנזימים, הורדת אנרגיית האקטיבציה, סוגי אתרים פעילים והתאמה מושרית. כולל הסבר על קו-פקטורים וקו-אנזימים, ששת סוגי האנזימים (EC 1–6), מצב המעבר, מנגנון מיכאליס-מנטן (Km, Vmax, Steady State), שיטות מדידה ודוגמאות כמו הקסוקינאז ופרוטאזות.
סיכום קישור ליגנדים בחלבונים: הגדרת D_d, עקומות קישור והבנת משוואת הקישור. ניתוח מבני ותפקודי של מיוגלובין והמוגלובין, כולל מצבי T ו-R, אפקט אלוסטרי וקואופרטיביות חיובית. הצגת מודלים מרכזיים (MWC ו-Sequential) והמשמעות הביולוגית של מעבר קונפורמטיבי בקשירת חמצן.
תרגול ביוכימיה על קביעת הרכב וכמות חומצות אמינו בחלבון.
סיכום ביוכימיה מעמיק: עקרונות אלקטרופורזה בג׳ל (SDS-PAGE) וחומרים מחזרים, ג׳ל דו-ממדי, שיטות צביעה ו-Western Blot, דיאליזה וכרומטוגרפיות (גודל, מטען, זיקה), וכן מבנה ותפקוד נשאי החמצן המוגלובין ומיוגלובין. כולל עקרונות pI, salting out, ו-Heme.
סיכום על מבנה חלבונים: מבנים שניוניים (אלפא-הליקס, בטא-שיט, בטא-טרן), דומיינים ומבנים שלישוניים ורביעוניים, חלבונים חסרי מבנה, דנטורציה ורינטורציה, ניסוי אנפינסן והפרדוקס של לבנטל, מנגנוני קיפול וטעויות קיפול, אגרגציה ומחלות נוירודגנרטיביות כגון אלצהיימר, פרקינסון ויעקב-קרויצפלד.
תרגול ביוכימיה מפורט בנושא חומצות אמינו: חישוב pI של פפטיד Glu-His-Trp-Cys-Gly-Leu-Arg-Pro-Gly, זיהוי קבוצות מתאינות, עקרונות טיטרציה וחישוב מטען לפי pH, הסבר על zwitterion, חישוב pI לפי שני pKa רלוונטיים, ניתוח עקומות טיטרציה והקשר למשוואת הנדרסון-הסלבאך.
סיכום ביוכימיה מפורט: זיהוי והרכב חומצות אמינו, תגובות סנגר ואדמן לריצוף חלבונים, פירוק קשרי SS, פעילות פרוטאזות (טריפסין, כימוטריפסין, פפסין), הבדלים בין חלבונים תוך-תאיים וחוץ-תאיים, ומבנים שניוניים – אלפא הליקס, בטא שיט, דיפול ומייצבים מבניים.
סיכום ביוכימיה על מבנה חומצות אמינו, קשר פפטידי ורזוננס, זוויות קונפורמציה φ ו־ψ, גרף Ramachandran, קשרי דיסולפיד, ומושגי שמירה אבולוציונית ו־sequence alignment.
תרגול בגנטיקה וביוכימיה על חומצות אמינו: חישוב מטען נטו של גליצין לאורך טווח pH, חישוב ערכי pI לאלנין, ליזין וגלוטמט, וניתוח מסיסות במים לפי pKa.
מים — הממס הביולוגי האולטימטיבי; חוצציםסיכום על חומצות אמינו: תכונות חומצה־בסיס, pKa ו־pI, סיווג כימי, צוויטריון, קשרים דיסולפידיים ומודיפיקציות פוסט־טרנסלציוניות.
סקירה ביוכימית על מים, קשרי מימן, הידרופוביות, מיצלות וחומצות שומן אמפיפטיות, כולל מבנה מים, אינטראקציות מולקולריות ומבוא לחומצות אמינו.